随着新医改中各项配套政策的逐步推进，渐趋扁平化医药产业链——即从药厂直接进入终端医院中间环节的减少，将使目前国内医药代理商150-180万人的队伍锐减至30-50万人，这引起对于国内医药代理商是否会逐渐消亡的争论。
7月6日，在中国医药专业代理联盟成立大会上，联盟执行理事长、深圳翰宇药业股份有限公司副总裁刘煜向在场媒体回应了上述疑问，他认为医药代理商生存的空间永远是存在的，且国际上药品主流代理模式也是中国未来5年主流销售模式。
刘煜说“现在是200万人吃中国将近2000万这样的蛋糕，将来是30-20万人吃5000亿这样一个处方药销售的蛋糕，按照国际佣金制2-5个点的利润惯例，获利也会不小”。
据刘煜透露，目前国内医药代理商的佣金在5-10个点之间。海缰医药科技有限公司总经理倪乐敏向本网记者表示：“没有我们（医药代理商），药厂将无法生存”。
一直以来，医药代理商都扮演着连接终端和上游企业的重要角色。但刘煜透露，随着中国新医改各项配套措施的进行以及药品注册方法的改变，国家食品药品监督管理局审批下来的新特药越来越少，成为稀有资源，而主要以代理新特药为主的代理商数量也会因此急剧降低到30-50万人，医药代理商正面临利润缩水。
<宋体>除了新医改的冲击，医药代理商还背负着许多负面的光环。最近的“天价芦笋片”事件中，许多媒体就把箭头指向药厂和医药代理商。“大家对这个行业存在误解和偏见，实际上，行业里存在的不合理分配是由整个行业决定的，而不是行业整个流通链里的某一个方面决定的”刘煜说据刘煜介绍，现在国内大概有200-250万左右的代理商，加上代理商下属的医药代表，大概有1000-1500万这样的从业人口。
他说，药品销售在世界500强所有的药厂，包括葛兰素、辉瑞，他们采取的都是代理制这样的销售模式。代理制的销售依然是药品营销的主流模式。
不过，中国医药专业代理联盟秘书长曹师越认为，目前国内存在的医药代理联盟还处于松散状态，成立“医药专业代理联盟”就是想使医药代理从靠权钱关系的推广走向学术推广的行为规范化道路上，同时，联盟能以团队力量使代理商更且话语权。
2001年，曹师越和刘煜他们就有了成立中国医药专业代理联盟的想法。此次设立的中国医药专业代理联盟带来的一个首创概念是“专业代理商的认证体系”。而作为整个供应链链条里很重要的一环，代理商恰恰缺乏这样一个认证的体系。
据联盟提供的资料显示，由于国内代理商素质参差不齐，行业内评价褒贬不一，乃至于国际药厂和国内专家在寻找代理合作时犹豫不决。“经过严格训练和规范道德操作的培训，同时从事国内高端产品的代理工作。将来我们会对我们专业化的队伍，通过认证，规范我们专业化队伍的销售行为”刘煜说。