在现在的医药招商中，很多企业在管理方面普遍存在着相似的问题：管理方式多以人治为主，由此形成的管理形势阻碍了企业的进一步发展，具体概括起来有这几个方面。
一、缺乏信息记录
适当的信息记录是医药招商企业内部控制的重要方面，它既是其他控制有效性的保证，又是企业保持高效率经营和高质量信息的手段。但可惜目前中国很多本土的制药企业缺乏对这项工作的重视，有些企业连最基本的产品流向都缺乏记录，因此企业的很多决策都是盲目的。
二、缺乏合理的授权制度
企业的医药招商高层管理者独揽了太多的权利，中层处于“执行多、权利少”的状态，由于没有明确得到授权，很多企业的中层就抱着“少干少犯错”的原则，消极对待工作。
三、缺乏内部审计制度
很多企业缺乏严格的医药预算体系，预算管理流于形式，产品成本核算粗放，难以实现有效的成本控制；资金管理没有明确的计划性，对资金有效使用效率的评估与考核不够；同时还缺乏内部审计制度。
内部审计既是内部控制的一个组成部分，又是内部控制的一种特殊形式。内部审计是在组织内部对各种经济活动、管理制度是否合规合理及有效所进行的独立评价，以确定既定的政策和程序是否贯彻，建立的标准是否遵循，医药招商资源的利用是否合理有效，以及单位的目标是否达到。
缺乏内部审计制度，会使医药企业的资金使用和各种活动处于非常随意的状态。
四、缺乏职责分离
与第二条缺陷相反，在医药招商企业的一些关键岗位上，企业的所有者对自己信任的人（多为所有者的亲属）过于信任，没有职责分离意识。职责分离是指遵循不相容职务相分离的原则，实现合理的组织分工。
所谓不相容职务，是指那些如果由一个人担任，既可能弄虚作假，又能够掩盖其作弊行为的职务，不相容职务分离就是要求把不相容职务由不同的医药人员担任。
在这种制度下，一名或一组雇员的工作必须与其他雇员的工作相一致或与其他雇员的工作相联系，以便互相监督。例如一个医药招商企业的授权、签发、核准、执行、记录工作，不应该由一个人担任。
