2009年1月，国务院常务会议通过《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《2009—2011年深化医药卫生体制改革实施方案》，新一轮医改方案正式出台。本次医改在解决看病难看病贵问题上突出了加大财政支出，抓住了逐步改变"以药养医"体制的要害，明确了提高诊疗、护理等费用，降低药价的基本方向。
方案坚持以人人享有基本医疗卫生服务为根本出发点和落脚点，从改革方案设计、卫生制度建立到服务体系建设都要遵循公益性的原则，"着力解决群众反映强烈的突出问题，努力实现全体人民病有所医"。
深化医药卫生体制改革的总体目标是建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，为群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务。"到2020年，覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度基本建立。普遍建立比较完善的公共卫生服务体系和医疗服务体系，比较健全的医疗保障体系，比较规范的药品供应保障体系，比较科学的医疗卫生机构管理体制和运行机制，形成多元办医格局，人人享有基本医疗卫生服务，基本适应人民群众多层次的医疗卫生需求，人民群众健康水平进一步提高"。
而就短期来看，从2009年至2011年，医改的任务有4个方面：完善医药价格管理体制，改进价格管理办法，提高价格监管的科学性和透明性;合理调整药品价格进一步降低偏高的药品价格，适当提高临床必须的廉价药品价格;进一步理顺医疗服务比价关系，提高手术等技术劳务价值降低大型医用设备检查和治疗价格;强化成本价格监测和监督检查，完善药品成本价格监测制度，公开市场价格信息，发挥社会舆论的作用。
