治疗口腔溃疡使用药物是必不可少的。比较常见的药物如：漱口液、冰硼散等外敷药都有消除炎症、消肿止痛，具有促进口腔溃疡愈合的作用。
专家说，漱口液、冰硼散、口腔膜剂、意可贴、华素片、珠黄散、三七粉、青吹口散、维生素C 、复合维生素B、微量元素锌、西瓜霜、珍珠粉、口炎清、三黄口疡平等药物，并不是治疗口腔溃疡的主要药物，只能减轻口腔溃疡的症状及疼痛或延缓口腔溃疡的复发次数。
中医讲究的是辨证施治，要是盲目使用药物，只能是南辕北辙。局部用药时，应先用漱口液清洗口腔，特别是患部，把食物残渣、唾液等漱去，然后用干净的棉签轻拭后再局部用药，以便药物直接粘附在溃疡面上。目前治疗口腔溃疡效果较好的药物市场上还不多见，多是以消炎、外用为主或清热解毒等药物。
