创新，尤其是技术创新一词正在迅速升温。对于医药行业而言，通过研发创新可以提升中国医药产业的竞争力，也可以通过转变产业经济的增长方式来调整产业结构，在理论上已经达到共识。但是，研发创新这样一个在医药行业内并不新鲜的命题，为什么一直没能得到充分的贯彻?作为创新主体的医药企业，谁都认为创新重要，但是为什么又都把它排在日程表的后列?
民营医药企业的企业家们给出的回答很简单：“中国市场的仿制药太多，做仿制药的空间最大。如果我们现在进行研发创新，投入会很大。无论成功与否，我们的投资都是石沉大海。”为什么?以一个新药平均8年研发时间、10亿美元的研发投入来说，中国根本没有这么大的医药市场可以容纳这样的药品，必须做全球市场。但是现在国内的医药企业与国际市场仍旧有一层隔膜，这层隔膜不是一两天就可以打破的，国内的企业已经习惯了一种偏安的状态。
就算拥有了一个真正意义上的新药，或者是新技术、新品种投放市场，知识产权保护问题同样是不容忽视的。“一旦新药在市场上显示有盈利前景，很容易就被仿制了，这些仿制药价格低，我们没法竞争下去”。
对于立志于自主创新的民营医药企业来说，必须投入大量的前期资金和精力，但未来的收益却充满着不确定性。新药能否为市场所接受?接受程度如何?是否会被仿制从而使生产厂家失去定价能力?如果销售收入低于预期，或研发投资不能带来商业利润，民营医药企业就会失去研发的积极性。
不要批评民营企业的短视行为，国有药企也是同样的。无论国有还是民营，没有创新的激励，都不会去做研发。对于国有药企来说，老总的任期有长有短，但一般不会跨越重大技术的研发周期。企业负责人的目标函数是使自己的提升机会最大化，为此需要业绩特别是短期业绩的烘托。如果一项技术的开发历经逾8载，待到成功之时，负责人已经错过了调动升迁之机。哪怕这项技术能产生再大的效益，在老总们的眼中，恐怕也比不上年终考评的指标重要。
也有人提出由政府来主持和主导医药产业的研发创新，一则使社会资源的利用更为充分，再则弥补企业部门研发的不足，从而克服医药研发领域中的“市场失效”。但是作为以营利为目标的产业技术创新，政府从事研发存在一些先天问题：第一，政府不是每天都在市场中摸爬滚打的企业，无法获得充分的市场信息，也无法对项目的商业潜力作出准确的判断;第二，政府官员不具备商业经验，在项目选择、管理以及成果应用方面不可能比企业界人士更高明;第三，如果由政府安排资金、民间企业竞标研发项目，研发的效率可能会提高一些，但政府在项目的甄选上，仍然绕不过激励机制匮乏、经验和信息不足等方面的问题。
因此，研发创新的主体必须由医药企业或个人担当。那么，如何使其具有足够的研发激励?中国医药行业的自主研发创新基本上的解决方案在于制度改革与制度建设。
知识产权的保护非常重要。世界医药经济发展的进程显示，有效的产权保护提高了研发的投资回报，刺激了系统、商业化和可持续的研发活动。以此应用到中国医药市场，可以引导医药企业的着重点从追逐短期利润转变到培养企业的长期核心竞争力。政府在其中的作用应是奠定牢固的制度基础，保障有效的激励机制，从而实现企业对于技术的自主创新。
