来自工信部的数据显示，2012年，我国医药行业整体固定资产投资增速同比显著上升，增速超过全行业工业总产值和总资产的增长速度，显示出明显的扩张态势。在新版GMP改造过程中，如此快速的固定资产投资极易使技术含量相对不高的原料药制造业出现产能过剩的问题，进而压低行业的整体利润，造成恶性竞争。
2012年我国医药原料出口整体格局没有出现突出的变化，出口增速放缓与全球经济乏力息息相关。但是就国际市场而言，目前欧美经济复苏仍具很大的不确定性，短时间内市场需求很难恢复到原来的发展水平和速度。
另一个困扰行业的难题就是成本上涨，原料药行业利润出现负增长，这是近年来少有的，利润下降的主要原因是消化环保成本的能力不高，环保标准提速太快。一方面是所有成本都在上涨，另一方面又是终端药品价格在不断下降，这给原料药企业带来非常大的困难，除非企业具有很强的议价能力，但是这样的原料药产品目前还不是很多。
同时，人民币汇率问题仍是制约企业发展的重要因素。人民币汇率的持续升值已经严重影响企业的出口，我国原料药出口在价格竞争上的优势正逐渐丧失，对出口企业的经营也形成一定的压力。如今国际监管的日趋严厉也对我国企业出口造成一定的影响。
众所周知，我国是原料药生产、出口大国，原料药品种全、规模大、质量高、价格低的优势明显，短期内无从替代，产业链上与欧美发达国家和地区高低互补，与印度等竞争对手各有侧重。我国原料药对欧美市场的出口占我医药总出口额的50%以上，随着近年来人民币升值、劳动力成本上升和环保标准的提升，我国原料药优势正在逐步削减，一些制造成本更为低廉的区域成为全球原料药基地转移的目标。
目前，我国医药出口增速从原来的20%～30%回落到10%左右，属于理性回归，也说明我国医药出口升级版开启。在这一转型中，我们应积极应对，继续大力开拓国际市场力度，努力扩大国际市场份额，积极参与区域经贸合作，切实解决出口企业面临的各种难题;抓住新一轮全球医药产业向亚洲转移的机遇，提高承接国际医药产业转移和吸纳的能力，实施“走出去”战略，积极应对全球挑战。