美国食品与药品管理局(FDA)宣布，酮康唑片不应作为真菌感染的一线治疗药物，因为该治疗与肾上腺功能不全、潜在致死性肝毒性以及药物间相互作用有关。
据MedWatch发布的安全性警示，商品名为“Nizoral”的口服酮康唑片不再适用于治疗念珠菌及皮肤真菌感染。此外，口服酮康唑片也不得用于治疗皮肤及指甲的真菌感染，仅适用于治疗其他疗法无效或对其他疗法不耐受的芽生菌病、球孢子菌病、组织胞浆菌病、广色霉菌病以及副球孢子菌病的患者。该产品的说明书已经被修改，标出了风险提示。
由于口服酮康唑与能导致肝移植或死亡的肝毒性有关，因此目前该药禁用于有急慢性肝病的患者。另外，酮康唑片是一种潜在抑制剂，与其他药物联用会增加联用药物的血药浓度及发生QT延长综合征和其他严重反应的风险。禁止联用的药物包括多菲莱德、奎尼丁、匹莫齐特以及西沙必利。
