从目前的发展趋势看，对大部分省份而言，市县两级药监机构尤其是县级药监部门的解体恐难避免，且在不少地区已成现实：将药监、工商、质监融为一体，成立所谓的质量与市场监管局的动作，已在各地铺开。乍一看，这只是三部门的整建制归并，但就药监而言，实际上却意味着机构的溃散与解体。换言之，从2001年开始组建、艰难走过十三年的基层药监机构，将消失在所谓的大市场监管体系里。而基层药监的解体，又将产生怎样的影响呢?
1、“全科医生”难治“专科病”。
药监部门对食品药品的专业监管，相当于专科医生对专科疾病进行诊断与治疗。而市场监管模式则相当于“全科医生”，虽说什么病都治，但只能解决一些常见病、多发病。大市场监管诞生以后，药监这个“专科”取消了，“专科医生”也会被安排从事全科服务，服务水准自然难以保证了。而让“全科医生”去解决专科问题，也是“药难对症”。
譬如，对于药店柜台里一盒普通的药品，药监的“专科医生”可以从标签上的几个不规范的术语乃至标点符号发现其中隐藏的猫腻，从中揪出通过伪装的假药，而要“全科医生”来解决这个问题，就勉为其难了。因此，基层药监解体后，市场各类假冒伪劣食品、药品以及保化产品(尤其是药品)只怕要大行其道了。
2、食品药品监管被弱化。
从理论上讲，实施大市场监管以后将继续强化对食品药品的依法监管，但这实际上是不可能实现的。从某种程度上说，食品药品监管被弱化将成为必然。其中，因素除了“专科医生”队伍被分拆外，还包括机构监管范围被无限放大。
“三合一”体制之下，市场流通的所有商品都归于一个部门实施管理，显然这种管理不可能做到“精细”，顾此失彼的情形必将出现。加之基层政府的一些“应急事务”，大市场监管部门将成为诸多工作的“突击队”、“救火队”、“敢死队”等。在所谓的各类“重大任务”面前，所有的监管工作都可以“暂缓”，当然也包括食品药品监管工作。而目前的市场监管模式，尽管也存在弊端，但至少在一定程度上考虑了专业分工及生产、流通监管之间的制约。未来的大市场，分工、制约都将消失，加之地方保护的抬头，除了食品药品监管被弱化外，其它产品质量监管能不能得到加强，也是值得思考与观察的。
3、产业发展受制衡。
食品药品以及保化产品、医疗器械的质量监管，说到底，都是专业性很强的监管，是行政监管与技术监督的密切组合。尤其是药品、医疗器械等的监管，在没有专业背景的情况下，监管工作很难有效展开。产业发展与监管部门的有效工作密不可分，这些工作既包括对企业违法行为依法实施处罚，同时也包括通过实施相关法律规范，推进企业的健康有序发展，促进产业的良性发展。
食品药品各类专业法律规范的实施过程，是需要专业素养予以支撑的。在“大呼隆”的体制之下，食品药品企业与监管机构之间的涉及专业方面的沟通与交流是不可能畅通的。如果企业与监管部门无法实现“对话”，不但难以取得预期的监管效果，还会使企业怀疑政府部门的监管能力。一个能力被质疑的部门，是不可能得到信任的。而在信任危机面前，产业发展自然会受到制衡!
