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众多的企业分类方式导致并购双方各自价值趋向的不同，估计其价值的方法也有很大差异。有时我们对某些并购的估值感到不可思议，但只要不损害国家利益，不损害股东利益，就可以说是“周瑜打黄盖，一个愿打、一个愿挨”了。
价值决定价格，这是市场经济的真理。在每一桩并购案例中，最重要的就是并购对象的估值。
矛盾的双方
与在自由市场买菜一样，卖出方总是想卖高一点的价格，买入方总是想以较低价格买入，两者始终是一对矛盾。很多最终谈崩的案例，往往就是价格差异导致，有时候差距微乎其微，但也不能避免一拍两散。成功的并购案，往往是双方对企业的估值比较接近甚至相同。
根据在价值链上下游所处位置分类，医药企业大致可分为研发型、生产型、批发型、零售型企业；根据产品的性质，可分为生物医药型、化学药型、中药型、原料药型企业；根据规模，可分为大型、中型和小型企业；根据是否盈利，可分为盈利型、持平型和亏损型企业……众多的企业分类方式导致并购双方各自价值取向不同，估计其价值的方法也有很大差异。很多时候，我们对某些并购的估值感到不可思议，但只要不损害国家利益，不损害股东利益，就可以说是“周瑜打黄盖，一个愿打、一个愿挨”了。
虽然现在并购案例此起彼伏，如火如荼，但资本经营相对于医药行业传统的产品经营而言，案例积累还不多，经验有待提高，这也导致很多并购案例的当事双方对价值的估计一知半解，甚至有些粗放，靠“拍脑袋”决策的占不少比重。对于这类并购，买卖双方企业都有必要在现代并购的估值方法方面充充电。
通用估值法
现代并购通用的企业价值评估方法有三大类：收益法、市场法以及成本加和法。
1. 收益法
这是将企业未来特定时间内的预期收益，还原为当前资本额或投资额的方法。
收益法是企业整体价值评估的首选，因为任何投资的最终目的都是为了收益，如果预测出未来的收益，就可清楚地知道投资收益率是多少，就能科学评价企业价值。
对未来收益的预测一般使用5~8年的跨度，具体选择几年，需要看并购主体是激进型还是保守型。保守型的用5年，激进型的用8年甚至10年也不为过。还原为当前资本额的方法，是将每年的收益除以期望的投资回报率然后相加所得。在未来每年收益预测波动不是很大的情况下，选择多少年和假设一个投资回报率是两个非常重要的变量。有的企业采用略高于银行基准利率的投资回报率，有的企业采用3倍甚至5倍的银行基准利率作为投资回报率，同样是基于企业属于激进型还是保守型而做的不同决策。
在国际并购过程中，由于国内外会计准则、审计准则不一，采用收益法估值会得出不同的结论。比如同仁堂的估值利用国内会计标准，将比香港的会计标准多10％的价值，所以当和记黄浦与北京同仁堂合作时，选用哪边的会计准则成为争论焦点。
收益法的使用面较广，但也需具备一定条件：
首先，并购对象未来的收益能够被预测。这个前提看似多余，但并非每一家医药企业的未来收益都能够预测，因为有些企业是亏损的，未来收益累积起来可能为负，而这样的企业并非毫无价值。
其次，相对于可预期收益的风险也能估量，风险决定一家企业未来收益的可确定性，有些医药企业未来的收益会波动很大。例如部分生物类创新企业，确实很难预料其未来的增长，可能大放光芒，也可能黯淡无光，属于风险不可控类别。
再次，产权清晰，评估范围界定清楚。当产权不清晰的时候，就无法预测其准确收益，加上一块资产收益就上升，减去一块资产收益就下降，如果需要很复杂的手段去了解这块资产是否属于该企业，就只能放弃使用该方法。
2. 市场法
这是利用市场上与被评估企业相同或相似企业的交易成交价作为基础，通过相互对比分析，在必要的调整后做出的价值评估。由于医药企业可以划分为不同类别，因此市场法只有在同类企业中才具可行性，不同类的企业可比性不是很强。
比如工业类医药企业，上市前的市盈率倍数现阶段一般采用8倍左右，但零售类医药企业在上市前的市盈率倍数现阶段为10倍以上。如果要求两类企业都采用相同的市盈率倍数，就会导致工业类企业价值虚高，或零售类企业价值虚低。
市场法可以从不同角度进行比较，可比参数包括：市盈率倍数（PE）、市净率倍数（PB）、市销率倍数（PS）等。当然，使用市场法需要满足一个条件，那就是在活跃、成熟的证券交易市场存在的前提下进行。美国等发达国家的证券市场相对成熟，完全可以采用此法。现阶段我国有很多企业纷纷选择海外上市，它们在国外上市的价值就是参照国外同类可比企业。中国的证券市场经过多年发展正逐渐成熟，但离发达国家还有很大差距，这一方法的使用也因此受限。
3. 成本加和法
指重建一个具有与并购对象相同盈利能力或者生产能力等的公司所需要投资额的方法。主要使用账面价值，是我国前几年采用较多的方法，在很多国有企业间的并购中采用。为防止国有资产流失，需要独立、客观、公正的第三方价值评估。
成本加和法主要用于新成立企业、亏损型企业和具有庞大基础资源的企业，具有很高无形价值、轻资产类型的医药企业，不适宜采用。
3种方法孰优孰劣，不可一概而论，各有各的适用场合，需要在实践中不断摸索和总结，并在理论上不断深研。
