以前我们讲到日本超级连锁药店运用 3S主义进行高效组织运营。事实上，超级药店总部与门店之间的部门设置同样重要。
营业本部
它的职能是进行从商品的采购到销售与营业相关的所有业务。一般来讲，这个部门由以下三个职能（部）构成。
1.商品部
制定商品结构，据此与供应商交涉采购条件、制作商品台账、制定货架定位商品表等采购进货业务。实施季节商品与大型活动促销品、DM促销商品的采购、展示计划、采购调配等业务。实施旨在提高销售额和利润的十分关键的采购业务便是商品部。采购担当者称为“买手”。
2.门店运营部
为了在门店高效落实总部制定的商品计划与系统向门店进行传达、调整、管制便是门店运营部。该业务中既与营业相关，也与管理运营相关，需考虑每个门店的情况制定细致的对策。因此，拥有多门店的连锁企业，也有将区域或若干个门店划分成1个片区或片块进行管理。各店店长归属区域或片区经理管辖。
3.促销部
门店形象与大型活动策划、DM夹报单策划等，向门店所在地区顾客传达信息，吸引顾客来店与购物等，便是促销部的业务。
主要业务分为店外促销（ＯＵＴ ＳＴＯＲE ＰＲＯＭＯＴＩＯＮ）与店内促销（ＩＮＳＴＯＲE ＰＲＯＭＯＴＩＯＮ），但关键取决于其效果、效率如何。另外，旨在扩大固定客源、建立忠诚顾客的顾客管理，其重要性也同样不言而喻。顾客管理由促销部分管情况也颇多。促销担当属于该部。
管理本部
管理本部主要职责是关于人事与金钱以及所有企业运营的管理。
1.人事部
该部门从事关于员工的录用与培训及薪资管理等业务。零售业是商品的采购与销售的收益事业，实际操作的是人，即从业人员。因此，可以认为人的管理与录用、培训是极其重要的业务。对超级药店来说，药师与专业人员的录用与培训是重中之重的课题，甚至说门店的强弱取决于人事部的工作也不为过。关于培训也有企业单设培训部的模式。
2.财务·管理部
为确保经营正常进行，对资金调整与每天金钱的动态实施管理、调配便是该部门的职责。资金流向的管理与常态化对企业经营来说至关重要。另外，该部门实施的决算业务以及与金融机构的协调等也是重要业务。
3.总务部
企业运营中，与各部门不直接相关的业务以及横跨各部门之间的业务、对外业务、法律性业务、为诸业务运营顺利产生的各项工作，承担这些工作的便是总务部。虽然有些企业把总务部比作“万金油”，不过它也有主次之分，其部分职能是杂务，主要业务还是企业运营的中枢性业务。
4.系统部
几乎所有的超级药店从商品的订货、收货到销售、营销额以及利润的管理、库存管理等的数据掌握，都采用计算机进行管理。正确掌握人、财、物的流向，对经营者来讲十分重要，因此大多企业均使系统管理独立化，单独成为职能部运营。
