当中药国际化进程收效甚微时，一个更为残酷的现实又摆在人们面前：中药现代化不仅前线出师不利，“后院”也开始“起火”。
2005年1月，国家中医药管理局有关负责人在科技部召开的一次座谈会上透露，截止到2004年，中国医药市场规模约为2500亿元左右，其中中药约450亿元，占18%的市场份额，其余的82%被西药和医疗器械瓜分。而10年前，中药在中国医药市场上所占的比例还能达到28%～30%。其中，尽管中药治疗费用普遍比西药低廉，但在我国农村市场，中药所占的市场份额也不足10%，在国内大型医院，中药的使用率还不到50%。
几千年来中国人都是利用中药来保护自己，为什么到了21世纪的今天，中国人却对中药如此冷漠？专家分析，原因有以下几点：
一是现行的"以药养医"体制。现在国家对（公立）医院提供的财政补贴只占到医院所需资金的10%，其他不足部分则需要医院自己来承担。"这样医院就必须赚钱。那么医院怎么去赚钱呢？只有赚患者的钱。一旦医院陷入’以药养医’，开大处方、卖贵药的现象就在所难免。"一位业内人士指出。一般来说中药的价格要低于西药，在利益的驱动下，同样有西药处方权的中医开出价格不菲的抗生素来，一点也不稀奇。
二是中医人才质量严重下降。中药离不开中医，长期以来，人们都是在中医的指导下服用中药。目前尽管我国高等中医药专科院校已经达到32所，每年培养的学生也数以万计，但由于现行的教学和评价方式，人才质量下降已经是不争的事实。一位从事中医教育的专家曾无不感慨地说："现在全国这二三十所中医药院校培养出来的人才，不是接班人，而是’掘墓人’。"中医传统上是师徒传承，由师傅口传心授；现在的中医药院校采用的是西医模式，学生在"大拨轰"中完成中医教学，其经典精妙之处，老师无从讲起，也无法有针对性地进行点拨，往往是淡而化之，一些重要的中医理论只能作为选修课。不少学生毕业后不会望、闻、问、切，面对患者更不敢提笔开方--为保险起见，他们往往选择开西药。
三是中药质量降低。中医研究院中药所的一位专家在接受采访时指出，在经济利益的刺激下，我国中药材资源已经陷入困境：一是很多珍稀药材处于濒危甚至绝种状态；二是有的物种虽然还在，但其药效已经大打折扣。前者如虎骨、牛黄、麝香等，现在多是用人工合成的产品进行替代；后者如野山参、川芎等天然植物。"真正意义上的野山参现在还有吗？在东北的某些荒山中肯定还有，但现在市面上的人参，已经和萝卜差不多。前一段时间，我看到某地出产的当归居然是硬邦邦的，切起来都费劲。"他叹息道："我们这代人还能知道真正好药材是什么样，下一代人呢？"中药材药性下降直接影响了中药质量。中医诊疗水平和中药质量的下降，导致的结果是：患者对中医药逐渐失去信心。
对于企业来说，利益永远是其追逐的目标。当中药既无法走出国际，国内市场又面临萎缩时，国内不少传统中药生产企业选择了转向。汇仁集团就明确提出要向西药产品的开发和生产发展；天士力医药营销集团有限公司的一位负责人表示，目前天士力生产的抗肿瘤西药制剂在2004年卖得“相当不错”。
