在“以能够提供给消费者更低价格的药品”为出发点的药品网售来看，亏损仍是目前摆脱不了的窘境之一。
借着团购与秒杀，电子商务开始驱入传统行业，中国电子商务已经从一般应用开始向深度的行业应用转变。从淘宝医药馆低调开张，到九州通联手京东商城布局医药B2C，药品网售市场突然热闹了起来，当当网、国药也纷纷表现出涉网的意向。
淘宝网于6月开通医药馆，一举引入九洲大药房、金象大药房、开心人大药房、复美大药房等首批药品零售商，而围绕着其能否卖药的争议也随之而来。尽管国家食品药品监管局已经公开表态淘宝并没有取得网上售药资格，淘宝网医药馆因此被紧急叫停，但这并未冷却各大电商网售药品的热情。就在当当网积极申请网上售药相关资质的同时，京东商城与九州通采取创新合作，通过注资药企有效地回避开“两证”所设置的资质问题，被业界认为是“曲线卖药”。
药品网上零售市场一直被业内人士看好，从2005年12月30号药房网拿到第一张牌照至今，网上药店发展已有5年历程，但却步履维艰。基于新产业链条的理顺，电子商务一直以试点的形式摸索前行。而若想推动医药网上医药电子商务的发展，单纯依靠30多家网上药店根本无法构成产业链。只有进一步扩展网上电子商务药店的规模和整体发展的趋势，才能形成完整的产业链，才能进行网上交易和网下交易的扩展和延伸。
而除了资质门槛，药品网售中的物流滞后性、医保定点资质门槛、药品安全等问题亦仍需破解之道。
从现实意义上来看，网售的确可以有效理顺药品供应链条，但能否真的实现药品低利还有待观察。有数据显示，一般实体药店的毛利约为30%～40%，而网上药店的毛利可低至10%～15%。然而，在“以能够提供给消费者更低价格的药品”为出发点的药品网售来看，亏损仍是目前摆脱不了的窘境之一。
根据中国医药商业协会调查显示，2010年我国药品零售市场规模约1739亿元，同比增长17%，但网络销售额才寥寥数亿。而网上药店仍处于亏损境地的主要原因，亦与配送成本过高有着直接联系。网上订货再配送、运输成本较高，是现阶段医药B2C难以发展起来的最大问题。
目前，已获批《互联网药品信息服务资格证》的药企有3000多家，但具备《互联网药品交易服务资格证》的企业仅有70家，而能向个人消费者提供药品的不到30家。数据表明，2009年我国药品零售市场规模约1500亿元，其中网络销售仅7000万元左右，只占零售市场销售的0.046%。在欧美发达国家则通常在20%以上。2010年，美国网上药店的销售规模占整个医药流通领域的近30%。
药品网售的政策、物流、医保卡线上支付等种种瓶颈，在一定程度上限制了其快速发展。
根据相关规定，网上销售药品必须同时具备《互联网药品交易服务资格证》和《互联网药品信息服务资格证》。药监部门亦对“两证”的取得提出了严格的要求，如申请前要获得连锁药店资格，要有完善的物流系统、符合GSP标准的质量系统，还要有相关资质的医师和药师并通过考核批准等。当然，即便突破物流与医保结算的瓶颈，如何确保药品安全性也依然是网上售药最大的挑战。网上售药的诚信建设和认证，即全程跟踪和回溯查询的技术手段，即为网上售药大规模的发展奠定良好的发展基础。网售药品采购渠道的安全保障和监管机制，是药监部门一直不肯轻易松口药品网售的主要原因。
然而，有一点可以确定的是，制约医药电子商务发展的瓶颈正在各方的积极努力下不断突破。今年5月，商务部在《“十二五”药品流通行业规划》中明确提出，要鼓励发展基于信息化的新型电子支付和电子结算方式，降低交易成本。关于电子监管码等一系列基础性技术支持手段和政策正在积极探索和酝酿之中，医药电子商务也开始迎来它的春天。
另一个政策契机是电子处方委员会的成立，其在全国分区域试点，并将用两到三年时间进行推广。这意味着未来电子处方的流转将进入实际意义的网络互联，使网上药店未来销售处方药成为可能。而这一基础性工作仍需要两三年的时间来搭建完善，药品网售如果利用这段时间先期抢占市场份额，或许就有可能成为医药电商的NO.1。
