政府主导成为新一轮医改的特色，这主要表现在：通过增加政府资金投入和发挥领导组织作用，迅速扩大了医疗保险的覆盖面，提高了保险水平，同时还迅速扩展了基层医疗服务的覆盖面；发布了基本药品目录；增加了对公共卫生的投入和设施的建设。与新医改以前的状况相比，政府作用的加强主要体现在政府卫生经费投入的显著增长，以及政府在领导组织作用方面的加强。
然而，政府在医疗卫生领域内的主导作用，目前还存在着严重的结构失调，即发挥着一些不应由政府来主导的功能，而轻视了另一些应当由政府来主导的功能。首先，政府直接占据了绝大部分的医疗资源，如70%的医院和90%的医院病床。由于医生直接隶属于医院，因此政府自然成为医疗人力资本的绝对占有者。政府不仅拥有医疗资源，而且控制着资源的使用过程，干预着公立医疗机构内人财物等重要的经验管理权，从而同时兼任管与办两种身份。
尽管公立医疗机构占有压倒优势，但政府并没有能力直接养活他们，政府的财政支出占医疗机构收入的比重还不到10%，因此公立医疗机构必须面向病人和市场来维持生存和发展。政府一方面直接控制着公立医疗机构的运营，另一方面却无法提供他们的收入来源。这造成公立医疗机构既具有强烈的创收动力，与完全的公立机构不同，但又无法像其它民营医疗机构那样，具有充分的经营自主权,从而能够依靠公平竞争来独立生存。政府与公立医疗机构的关系主要是一种上下级的行政关系，因此政府对公立医疗机构提供者特别保护，阻碍了非公立医疗机构获得同样的生存发展机会。因此，政府需要对公立医疗机构放权，不再直接插手医院的经营管理权，实行彻底的管办分离。政府还需要大力鼓励和支持非公立医疗机构的发展，改变公立医疗机构一统天下的局面。只有当政府在直接办医领域内退出主导地位，才有可能发展其他领域的主导作用。
其次，政府不适当的主导作用还体现在，尽管社会保险是我国医疗保险的主要形式，政府财政投入只占整个医疗保险经费的一部分，个人和雇主也是医保经费的主要贡献者，但政府不仅掌控着整个社会医疗保险资源，而且直接控制着医保经费的使用，没有得到任何有效的社会监督。医保经费的支付对象、支付水平、支付方式由政府一家说了算，同时政府还垄断着医保数据，使得任何人无法研究和监督医保经费的使用状况。
在医保领域同样存在着管办不分、监督与管理不分的问题。从医保经费的筹资来源看，扩大资金的筹集范围，提高筹资的集中度，有利于缩小地区之间医保水平的差距，提高医保的社会公平性。但从改善医保运行效率、更好地满足受保人需要的角度看，在同一个地区内存在多个医保运营实体，能够给医保的管理运营带来竞争的压力和动力，打破政府一家完全垄断的局面。政府可以专注于医保经费的筹集，而由各种不同所有制的医保组织来承担医保的运营，从而实现医疗保险领域内的管办分离。
第三，政府在医疗卫生定价机制上的不恰当主导作用。在目前医疗卫生领域的定价体制上，基本上由政府一家说了算，价格水平和结构与医疗产品和服务的成本水平和成本结构之间严重脱节。医疗服务的定价严重低于生产成本，而许多药品和检查的定价又高于其供给成本。在这种严重扭曲的价格体系下，医疗服务的水平和质量极大地落后于社会需要，医疗服务与药品供应两者无法分家，医疗机构必须依靠药品检查的收入来弥补医疗服务本身的亏损。
随着医疗保险在医疗支付中作用的扩大，应当建立医保与医疗服务供给方两者之间协调和谈判的定价机制，政府可以参与这种协调定价机制。目前，医保管理机构没有加入医疗价格的定价，依靠简单总量控制来限制对医疗服务供给方的支付补偿。医疗服务供给方在目前的定价和支付体系中，没有任何发言权。但这并不意味着，医疗服务供给方就只能被动地接受这种价格体系带来的经济后果。他们可以创造性地运用各种办法，例如，增加向病人提供医疗服务和产品的数量，改变医疗服务内容的结构，快速引入和使用先进昂贵的服务项目和技术手段，拒绝提供某些亏损服务项目，降低服务质量等方法，来弥补不合理价格带来的经济亏损。价格扭曲带来了医疗服务行业内一系列行为的扭曲，加剧了病人和医疗服务供给双方的不满和冲突。
第四，政府在医疗机构的评级制度上的主导作用。目前，政府主要根据医院占有的医疗资源，对医院进行三级划分的评级制度。由于医疗服务质量信息的缺乏，病人往往将医院等级作为评判医院服务质量的根据。因此医院分级制度起到了引导病人流向的作用，在很大程度上加剧了大医院人满为患的看病难问题。由于医院分级主要依据医院占有的医疗资源数量和等级进行，这在很大程度上也加剧了医院之间的装备竞赛，追求装备的高精尖和大而全，而不注重医疗服务质量的提高。
医疗机构的评定主要应当根据医疗服务的结果，即服务的质量和效率。政府应当在制定评定的标准和指标上发挥组织领导作用，依靠专业社会组织本身来进行评定和产生评定结果。目前，政府一方面是绝大多数医疗机构的所有者，另一方面又直接充当评定人，踢球与裁判兼为一身，无法真正做到公平、客观、独立的评价。
政府转变在上述领域中的主导作用后，急需发展和扩大在其他方面的作用，这包括：1）提供信息：医疗服务本身和医疗机构的质量和效率信息，医疗服务技术、产品、和设备的质量和经济效益的比较信息。2）医疗行业的监管：市场准入、医疗服务过程和结果的安全、质量和病人满意度、市场垄断与公平竞争等方面的监管。3）标准、制度和体制的制定和更新：医疗技术标准、医疗费用的支付标准、医疗保险的管理标准、医疗信息化标准、医疗纠纷的仲裁和调解制度等。4）医疗政策和体制的研究：医疗费用的筹资、医疗费用的支付方式、医疗服务的效率、医疗服务的质量、医疗服务的公平性、医疗卫生体制的国际比较等。
政府在医疗卫生领域中的作用，主要体现在一种裁判员、服务者和提供公共产品的作用，而在直接提供服务、经营管理上应当尽量发挥非政府的民间力量。我国三十年经济改革的实践已经充分证明，调整好政府的作用，便能够极大地解放生产力、调动积极性、迅速改变整个行业的落后面貌。尽管医疗卫生与其它行业相比，有自己的特殊性，但并不意味着应当由政府来大规模地取代市场和民间的力量，由政府来直接充当赛场上的运动员，而是要求政府提高行业监管的能力和水平，提供更多的公共产品（包括信息和研究成果、标准和制度、公共卫生等）。
