延伸阅读：
当要求对科学问题，如每个项目的有效性和安全性数据以及涉及并购后的战略方向等商业问题进行商讨时，需要更周详的考虑。
候选线产品跟进延迟 经过重大并购后，进入研发跟进过程中的候选化合物所占比例减少。例如，通过对2008年2月辉瑞收购惠氏之前与2011年2月辉瑞的产品更新资料对比得出： 40%的化合物（未包括惠氏的产品）处于Ⅱ期临床试验状态的停滞时间高达3年以上，这个研发进度明显低于行业水平。
事实上，新药研发似乎更容易受到并购带来的负面影响。由于处于对候选产品线商业的敏感性以及知识产权的考虑，R&D机构重组被作为公司并购讨论最后商讨的一部分。
在讨论研发机构的并购协议时，最初的重点是处于Ⅲ期临床试验阶段的项目，其次是处于研发中期阶段的候选项目，最后才是处于研发早期阶段的项目。
当要求对科学问题，如每个项目的有效性和安全性数据以及涉及到并购后的战略方向等商业问题进行商讨时，则需要进行更广泛和更费时的考虑。此外，不同研究机构的基础研发体系如IT平台，数据处理或不良事件监测往往是不同的。因而决策和执行并购后建立的新研发体系和监测体系也需要大量时间。
在这种情况下，处于早期研发药物的进度将被放慢，对项目审核后重新启动的时间至少需要9个月。
研发投入减少 第二重大变化是研发投入减少。纵观历史，制药行业在研发上的投资（以收益比例）比任何行业都高，研发费用甚至高达财政收益的20％。然而，2012年辉瑞研发投资预算仅占其财政收益的11％（65亿~70亿美元）。这种减少程度与2008年辉瑞和惠氏合并前的研发费用形成鲜明对比。2008年，合并前两公司的研发费用分别为79.5亿美元和33.7亿美元，合计为113亿美元。最近几年，其他制药巨头也纷纷宣布削减研发投资，如赛诺菲。
因而，当前已陷入科学家对疾病发病机理认识不断增加，而工业界新药研发却逐年减少的发展怪圈。
滋生雇员消极情绪 公司在并购过程中，雇员个人对他们未来的不确定性感觉最为强烈。虽然很难量化这种不确定性对公司生产效率的影响，但可以肯定，带来的是消极影响，某些员工表现得特别强烈。对于许多经历过并购且留在并购后公司工作的员工而言，多次被并购的想法很难被接受，从而滋生麻木不仁的消极情绪。
