目前管理加盟店的最大难点是如何杜绝加盟店私自采购，一旦加盟店触及法规红线，对于整个连锁品牌就是“一损俱损”。对于加盟店为何普遍自采的原因，北京医保全新大药房总经理李庆福指出：
“你加盟麦当劳、真功夫等品牌，只能卖他们的商品，从总部进货，但药店经营的都是公共商品，可采购的渠道很多。另外，连锁总部大多不收取加盟费，但要对配送商品加点，一般加价率在3%以上，这导致了比加盟店自己进货还要贵的现象。一没有核心商品，二没有价格优势，自采泛滥就不难理解了。”
伴随着食品、药品安全问题的日益突出，加盟店的私采问题更像是一枚定时炸弹，不少连锁药店对此也空前重视。北京金象在今年10月份全面开展了对加盟店自采问题的检查，加大奖惩力度，同时提高自身采购的议价能力及商品配送能力，做到“一手抓管理、一手抓服务”。
不少药店为了遏制加盟店自采，会与批发商签订对抗条款——禁止批发商与其加盟店发生交易。但这样做的前提是企业规模足够大，对批发商有足够话语权，才能使用这种“霸王条款”。但解决自采问题的关键不在于你规模是否大或者惩治手段是否足够强硬，根本在于连锁企业是否能铸起与加盟店间的“人和”，加盟店本就不属于你，连锁企业更应顺应“凝聚人心第一，编制制度第二”的王道管理，“人心像水，制度像竹篮，竹篮编得再紧，也难免落得一场空”。
天津一家名不见经传的中小连锁瑞澄大药房却为我们很好地诠释了什么叫做“王道加盟”，它只有40家店，直营店与加盟店约各占一半，加盟店从其总部进货率达100%。这家药房从未禁止过加盟店外采，但他们的政策之好令加盟店毫不犹豫地选择从总部百分百采购。
这家药房对于品种采取差异化加价率，非独家的品种，他们全部平调，这类品种加盟店也能进到货，这类商品价格往往比较敏感，这家药房会到处询价保证最低价，而且给予加盟店账期的优惠，加盟店觉得从总部进货比自己进货划算，这类非独家品种全部从总部走。而对于自己的独家品种，价格并不敏感，这家药房是加了比较高的差价给加盟店，加盟店无法自己进到货，而且这些独家品种多是出自品牌企业。假设瑞澄大药房独家品种加价20%，非独家品种销售占比为30%，则那么整体配送收益率为6%，远高于药店行业加盟收益率3%的行业水平。
瑞澄对加盟店的支持也不仅止于铺货，凡总部提供给直营店的服务，加盟店一律享受同等待遇。瑞澄每个月的员工培训、经营分析都会邀请加盟店参与，帮助加盟店做日常管理，加盟店与直营店一样管理得井井有条，药监局来检查，也分辨不出加盟店与直营店的区别。”
天津瑞澄总经理闵丽认为收服人心是秘诀：“你不把别人当成一家人，别人也不会把你当一家人。真正成为一家人，加盟店就对你没有外心”。在瑞澄，不分直营与加盟，服务上一视同仁。
康顾多资深顾问尹东宇指出：“绝大多数连锁企业认为根据国家政策规定，加盟店就应该听从总部的任何指令, 这种管理哲学与文化本身就与加盟体系冲突。我们应该提倡服务而非要求的管理哲学与文化。”也即是说，合约制度只有基于加盟商对连锁总部的管理和文化的真正认同，才可能得到贯彻实施，否则只能像加盟发展之初似的，尽管各种协议完备，却难免沦为一纸空文。
