医药分开是医改的目标之一，我国推动医药分开先是从条件成熟的基层医疗机构试点，再通过公立医院改革，逐步向更高层级的医疗机构铺开。
四种推广模式
在现阶段的试点中，笔者将医药分开的模式总结为4种。一是支付方式改革，即推进按病种付费、按人头付费和总额预付的改革；二是收支两条线管理；三是将医院药房独立出来，药品的差价收入由政府统筹还补医院；四是药品零差率销售，取消药品加成。
由于中国城乡差异大，可允许多种模式试点。同时，推行医药分开的几个基本观点也在一一梳理。一是医药分开更重要的是机制分开，切断医药之间的利益关系，而不是把机构分开；二是医药分开不等于实行药品零加成，收支两条线管理也可以达到分开效果；三是“医”不仅代表医疗机构，还有医生，对机构的激励机制理顺之后，理顺医生的激励机制也很重要；四是逐步完善的基本医疗保障会对医疗机构有调控制约作用。
分级供应链建设
药品供应链的模式在公立医院和基层医院机构的设计会有所不同。
在公立医院，针对它的改革最根本的是机制改革。破除“以药养医”机制是改革特别重要的一个方面。
实施医药分开后的大型公立医院药品的供应，目前探索的做法是由供应商延伸物流服务。今年上半年，在商务部市场秩序司召开的实施医药物流服务延伸示范工程现场会上，九州通、国药和华润旗下的北医股份成为商务部首批医药物流延伸示范工程，以期推广药品流通企业向医院延伸现代医药物流服务的模式。
作为样板，九州通已成功与北大人民医院等几十家医院签署合作协议，北医股份也率先开始了与天坛医院的合作：开发医院药库管理软件，对接医院信息系统。
据悉，医院目前普遍采用的是药品人工与HIS系统相结合的流转、配送方式，但由于药库、信息化程度等因素的限制，1盒药从进库到出库再到患者手中，手续繁琐，环节众多，工作量很大，跟踪监管每1盒药品的信息非常困难。新合作模式涵盖了医院药品流转的所有环节，体现在以现代化的信息设备为支点，以完善的信息服务系统为核心，覆盖医院药品采购、请领、配送、验收、库存管理、患者使用等各终端环节，建立了全新、精细化、现代化的高效药品管理模式。
基层医疗机构方面，主要是以药房托管的模式来进行医药分开。按医药流通“十二五”规划提出“医生负责门诊诊断，患者凭处方到零售药店购药”的处方外配模式，医院将不再有药房，尤其是对于社区医疗机构等第三终端来说，第三终端的药品种类往往不够多，处方外配可以有效解决药品的缺失问题，但外配药房必须有基药目录全部品种。
从社会药店与基层医疗机构对比来看，不少社会药店有能力承接基层医疗机构的药房职能，如果能够将现有资源使用好，比新增、新建医疗机构更有意义。
如果将医院药房从社区剥离，让处方流向社会药店，药企、医院、医生之间的利益链条就会被切断。依照国外经验，社区医院只配备急诊用药，门诊用药则由社会药店承担，将有利于规范药店的发展，促进医药真正分开。由现有的社会药店承担基层医疗机构的药品供应，从基层医疗机构开始进行探索，新建社区医疗卫生机构不再设置药房，将药店纳入医疗保障体系，使社会药店与公立医疗机构一同享受政策补贴，实现良性竞争。
多方合作共赢
在实施医药分开中，“商卫”合作非常重要，相关地、市在探索中也做了不少工作。
如安徽省芜湖市通过供应链延伸，压缩药品供应商和配送商，能够在一定程度上解决医院取消药品加成后政府补偿不足的困境。上海市闵行区通过降低药品批发价，提高医疗服务价格，增设药事服务费，政府补助等多渠道予以补偿。江苏省镇江市通过医改实践，认为医药分开一定要实现医疗、医保、医药等三方联动，否则解决了“以药养医”，还会出现器械养医、手术养医等现象。
针对医改中可能出现的种种问题，卫生部专家委员会外藉专家、哈佛大家公共卫生学院教授萧庆伦曾表示，为提高公立医院绩效，很多国家在医院管理上引入了公司治理的经验，中国的公立医院改革也需要建立一个有效的治理制度，厘清公立医院管理各相关部门的权力与责任边界。
卫生部也在极积与相关部委沟通、协商、制定政策。医药分开之后，医疗机构与供应商、社会药店都需要在紧密联系的前提下分工合作。医疗机构尤其是大医院，应加大临床药学工作的力度，为合理用药提供临床依据。社会药店的药师则应加强学习，提高专业技能，在提供基本药品知识、用药指导等方面发挥越来越重要的作用。
