为贯彻落实《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》、《国务院关于加快培育和发展战略性新兴产业的决定》和《工业转型升级规划（2011—2015年）》，工业和信息化部制定了《医药工业“十二五”发展规划》，以加快医药工业结构调整和转型升级，培育发展生物医药产业，促进医药工业由大变强。
主要目标为：工业总产值年均增长20%，工业增加值年均增长16%。基本药物生产规模不断扩大，集约化水平明显提高，有效满足临床需求。全国药品生产100%符合新版GMP要求，药品质量管理水平显著提高。
“十一五”是我国医药工业取得显著成绩的五年。随着国民经济快速增长，人民生活水平逐步提高，国家加大医疗保障和医药创新投入，医药工业克服国际金融危机影响，继续保持良好发展态势。2010 年，医药工业完成总产值12427 亿元，比2005 年增加8005 亿元，年均增长23%，比“十五”提高3.8 个百分点。完成工业增加值4688 亿元，年均增长15.4%，快于GDP 增速和全国工业平均增速。实现利润总额1407 亿元，年均增长31.9%，比“十五”提高12.1 个百分点，效益增长快于产值增长。
“十二五”时期，我国医药工业面临的国际国内环境总体有利，是调整结构转型升级的关键时期，但影响发展的不确定因素增多，机遇和挑战并存。由于人口增长，老龄化进程加快，医保体系不断健全，居民支付能力增强，人民群众日益提升的健康需求逐步得到释放，我国已成为全球药品消费增速最快的地区之一，有望在2020 年以前成为仅次于美国的全球第二大药品市场。
《规划》主要发展目标包括：
1.产业规模平稳较快增长。工业总产值年均增长20%，工业增加值年均增长16%。
2.确保基本药物供应。基本药物生产规模不断扩大，集约化水平明显提高，有效满足临床需求。基本药物生产向优势企业集中，主要品种销售前20 位企业占80%以上市场份额。
3.技术创新能力增强。建立健全以企业为主体的技术创新体系，重点骨干企业研发投入达到销售收入的5%以上，创新能力明显提高。获得新药证书的原创药物达到30 个以上，开发30 个以上通用名药物新品种，完成200 个以上医药大品种的改造升级，开发50个以上掌握核心技术的医疗器械品种。
4.质量安全上水平。全国药品生产100%符合新版GMP要求，药品质量管理水平显著提高。加快国际认证步伐，200个以上化学原料药品种通过美国FDA 检查或获得欧盟COS 证书，80 家以上制剂企业通过欧美日等发达国家或WHO 的GMP认证。
5.产业集中度提高。到2015 年，销售收入超过500 亿元的企业达到5 个以上，超过100 亿元的企业达到100 个以上，前100 位企业的销售收入占全行业的50%以上。
6.国际竞争力提升。医药出口额年均增长20%以上。改善出口结构，有国际竞争优势的品种显著增多，制剂出口比重达到10%以上，200 个以上通用名药物制剂在欧美日等发达国家注册和销售。“走出去”迈出实质步伐，50 家以上企业在境外建立研发中心或生产基地。
7.节能减排取得成效。单位工业增加值能耗较“十一五”末降低21%，单位工业增加值用水量降低30%，清洁生产水平明显提升。
《规划》指出，抓住国内外医药需求快速增长和全球市场结构调整的重大机遇，落实培育和发展战略性新兴产业的总体要求，大力发展生物技术药物、化学药新品种、现代中药、先进医疗器械、新型药用辅料包装材料和制药设备，加快推进各领域新技术的开发和应用，促进医药工业转型升级和快速发展。在生物技术药物方面，紧跟世界生物技术发展前沿，结合国内疾病防治需要，加快发展人源化/人源单克隆抗体药物、疫苗、基因工程蛋白质及多肽药物，积极开展核酸药物、基因治疗药物、干细胞等细胞治疗产品的研究，突破生物技术药物产业化的技术瓶颈，开发自主知识产权产品，抢占世界生物技术药物制高点。
