尽管将新兴产业与消费升级两大主题集于一身，医药行业2011年整体仍跑输指数。分析人士认为，随着医改不断深入，行业需求未来仍然旺盛，但政策对医药行业的影响更加复杂。多家券商认为，医药行业整体市盈率将进一步下调，投资机会的选择应更加注重细分领域和个股情况。
政府投入推动作用放缓
机构普遍认为，2012年将进入“后医改”时代，过去两年间在政府投入拉动下，被压抑的基本需求加速释放，推动了行业的快速增长。机构预计，未来政府投入的速度将逐步放缓，行业的需求增长将大部分来自于新增的外延式需求及生活水平提高带来的弹性需求。
据统计，在过去3年间，政府投入1.13万亿元用于新医改，其中2011年预算为5360亿。随着政府投入的基数增大，政府卫生投入的增速也在放缓，2011年的预计增速仅为13.6%，而全国医保支出的增速也在从30%以上回落到20%多。预计政府卫生支出通过医保对医疗消费的拉动在未来几年将逐步减弱。
这意味着，全行业普惠式的增长将逐渐远去，行业整体估值也面临更深调整。银河证券报告认为，受医保支出增速下滑以及药品降价影响，预计2012年医药行业整体收入增速将下移至25%附近。医药板块整体估值重心将由目前的32倍下移至30倍。行业系统性机会不大。
细分产业有望脱颖而出
券商认为，在行业整体盈利增速稳定的背景下，部分细分行业有望出现较为明显的机会。
华创证券判断，消费升级带动中药衍生品行业快速增长。其报告表示，老年化、亚健康人群增加及健康意识增强将导致人们对保健品需求的大幅增加，消费升级趋势形成。而中药衍生品将成为此轮消费升级最主要受益行业。预计中药日化未来增长可望保持在30%左右、而中药饮品也将保持在25%左右的增长。保健品行业有望保持15%或以上的增长，重点推荐云南白药、片仔癀和广州药业。
东北证券则认为，以下三类个股在未来值得投资者关注，首先是受药品降价影响不大的家用医疗器械、诊断试剂和中药保健类，如科华生物、鱼跃医疗、江中药业等；其次是受益于国家政策方向的医疗服务、疫苗类，如通策医疗、马应龙等；三是具有产业整合能力或并购重组概念的企业，比如华润三九、康美药业等。
银河证券则指出，目前市场对疫苗等低估值的行业关注度不足。今年年初中国药监系统通过WHO预认证，为中国疫苗企业为联合国机构提供产品打开了大门。同时新版药典对2011年疫苗的批签发，意味着明年行业销售情况将有所好转，因此看好疫苗行业未来的发展空间和前景。