在我国现有的五千多家制药企业中，因起步不同、观念差异、地域特点等因素的影响，近年来已逐渐形成了自己的经营模式，虽然各种经营模式各有利弊，但在我国特定的医药市场环境中，也有其生存之道。
自主经营模式为主导
自主经营模式的最大特点就是拥有自己的全国营销网络，拥有自己的员工队伍，产品的策划和运作都有专人负责。采用这种模式的以合资、独资企业为主，如西安杨森、天士力、一正药业等企业，虽然年销售额有差距，但其主要运营方法还是一致的。2005年，中国医药产业的利润60%由合资、独资企业创造。由此不难看出，这种经营模式是目前企业获得发展的主要模式。
自主经营模式在临床开发、OTC促销、拓展第三终端等方面都得到了较好的运用——
临床开发 患者首次就医主要在医院，医院医生是决定患者首次用药的“上帝”，正因为如此，国外药企才把临床开发作为推广产品的敲门砖，在这个领域取得的成就也特别大。
OTC促销 零售终端的崛起绝对不是偶然现象，主要原因是我国人均医疗费用还比较低下，医药消费水平决定了患者必然走向药店，于是OTC在短时间内取得了飞速的发展，一些大病种，高发性、非致命性疾病所需药品成为了OTC市场的快速增长点。
第三终端拓展 当医院竞争异常激烈，OTC市场竞争渐趋白热化时，第三终端成为了一些制药厂家新的利润增长点。其实早在几年前，三株、溶栓胶囊等产品就已经在第三终端取得了骄人战绩，只不过当时没有出现“第三终端”的概念而已。
代理经营模式更普遍
药品代理作为一个新生的职业，在短短的10年内发展迅速。很多人是看中了其中的巨大利润而投身其中的。这种经营模式最大的特点是企业和代理商共担风险。但其也有不可化解的矛盾，那就是企业和代理商会用不同的态度去对待产品这个“孩子”——一个是亲爹，一个是后妈，很难做到共赢。代理经营模式经过几年的发展，已经渐渐走上正轨，个别代理商已经取得了飞速的发展。但其中存在的问题也随之出现。
代理经营模式主要有三大运作渠道——
医院市场 代理品种走医院主要凭借的是带金，因为代理商不会把厂家的产品当自己的“孩子”看待，“后妈”是任何人无法改变的现实。随着反商业贿赂行动的深入，此一市场上代理商的经营模式有待于更新。
OTC市场 代理品种之所以能介入OTC市场，主要是因为炒药大军的出现，随便定价、夸大宣传等行为着实让一些OTC品种火爆起来了。如肠清茶、9快9等，虽然是保健品，其销售额已经超过一个自主经营企业的年回款额。只不过其主要收入已经被广告媒介、零售终端瓜分。
直营市场 部分代理商为获得巨大的利润，通过活动（免费义诊、会议营销、体验营销等）直接免费给患者送货，不仅获得了高昂的利润，也促进了产品的销售。
上述三大渠道其实只是理论上的划分。事实上，代理商在具体运作中表现得非常灵活，有的将OTC市场和直营市场同时运作。但值得注意的是，代理商很少将医院市场和OTC市场结合起来同时运作。原因还是考虑到医院市场所占份额太大，尽管利润的大头被医院赚去了，如果将医院市场与OTC市场一起运作，医院价格必受很大的冲击。而市场价格的混乱是任何代理商都不希望得到的结果。而先前不重视窜货问题和稳定价格的厂家，目前正为此而付出巨大的代价。
中小型制药企业：要么做大，要么被收购
有人认为，占国内制药企业总数80%以上、年销售额1亿元以下的中小型药品生产企业，本来这些年就存在着竞争激烈的问题，已经导致了企业的生存危机；随着国家相关法规和政策的出台，更使得这些企业雪上加霜，进入了危险的境地。
果真如此吗？中小型医药企业应如何经营？ 不妨从另外一个角度来分析一下中小制药企业的前景——
05年的时候，我国卫生总费用为7590多亿元，占GDP的5.6%，并且其增长速度约为GDP的2倍，这说明了药品消费的巨大空间。到2010年，我国正式进入老龄化社会，目前60岁以上的人口约占6%，人老意味着各种疾病的发病率上升，这无疑会加速医药市场的需求增长。改革开放以来，虽然GDP的速度增长快，但下岗和再就业以及毕业生就业的问题也凸显，即使是在职人员也感觉到了生存的巨大压力，这无疑又将促使发病率上升。此外，食品污染、饮食结构不合理、缺乏锻炼、保健意识落后等因素也将促使疾病的发病率上升。
一方面是医药市场的迅速扩大，一方面是药品生产企业的重组。可以说，我国的制药企业进入了一个高速调整和整合期。在这样一个环境中，必然导致中小型药品生产企业快速两极分化。发展快的，可以在短短3～5年内进入大型企业的行列；发展停滞不前的，必然被其他大企业或外企收购。
