从某种意义上讲，工业与商业永远处在相互挤压价格的矛盾之中——工业追求的永远是抬高供货价格，以保证和扩大自身的利润水平；商业则反之，它不断通过统购方式增加采购量，从而提高自己与厂家谈判的筹码，最终压低自身的采购价格。尽管关系形同水火，但工业与商业又是谁也离不了谁，于是只好永远地“勾心斗角”下去。
这种工商间的博弈关系用到医药领域也同样适合，而且好像更具有现实性。毕竟，医药行业放开步伐加大还是近几年的事。而从医药工商合作方式的流变中，我们亦可发现双方开始日益重视合作上的平等关系与战略上的双赢局面。
20世纪80年代及以前，因其自身的特殊性，医药类商品是由指定的商业企业负责经营的，在当时的历史条件就意味着“国字号”垄断全局。一般而言，工业只要在一省（市、自治区）选择一两家大的经销商，就可以靠后者拥有的二三级站去广泛覆盖一个省级市场。彼时，商业之间由于缺乏竞争，信息又是单向流动，工商之间的利益纠葛在一定程度上也被淡化，药品分销更多的是像下游承接上游来水一样处于自然状态，很少会关涉到双方之间的平等关系。此一阶段，工业似乎处于更为有利的地位，有好的产品即可制胜。
90年代，医药行业则是代理制大行其道。当时，药品制造业的高毛利使得更多的仿制药生产厂家进入，产品的同质化现象极其严重。即使是一些知名的品牌产品，如果不依托拥有强大分销网络的商业，要想迅速占领并扩大市场也十分艰难。在这种情势下，拥有好的渠道可能比拥有好的产品更受业内重视。
代理制下，“几几扣”成了行业内通行的口头禅，赚取批零差价成了商业生存、发展的惟一途径，不同地区、不同规模的商业拿到的折扣差别会很大，而药品零售价格同一市场又保持统一，再加上利益的驱使，这都为冲窜货的大行其道埋下了伏笔，特别是大的品牌工业受的影响最为严重。为此事，不知有多少企业的领导人费煞了心机，但收效却并不明显。
实际上，代理制从提出之日起就已经孕育了一些不平等因素，实行代理制的大多是产品优质、疗效好但市场拓展能力不足的工业，它们是真正地有求于人，似乎必须委下身段要求商业与之合作。而为了应对日趋白热化的竞争，确保并扩大已有的市场份额，品牌工业也不再那么“盛气凌人”，起码开始真正地重视商业的要求。这种情势决定了双方谈判时期，工业有了更多的被商业“盘剥”和压价的可能，而无论企业规模的大小。这一阶段，商业似乎又占据了上风。
上世纪末，基于地域性管理带来的诸多问题，一些“先进”的工业开始尝试运用佣金制。据估计，目前约有六成左右的知名品牌采用这一结算方式。
业内有一句话，即“知名品牌不赚钱，赚钱品牌不知名”，即商业购销知名品牌产品大都是“平进平出”，在打平费用的前提下几乎不赚什么批零差价，而真正靠差价获利的却是不怎么出名的药品。不过，商业也不会“无利不起早”，他们看中的除了知名品牌无形中的“带客”功能外，最重要的就是工业根据商业的销售业绩给予的奖励，一般会以销售额1—5个点左右的比例支取实物或现金，业内将之统称为佣金。从赚取批零差价到赚取佣金，这种变化的背后其实更多地体现了市场主体的平等意识。
市场经济是信息透明化下的契约经济，过去赚差价主要是因为工商合作是在信息不对称的环境之下进行的，下游的商业不了解工业的生产成本，而上游的工业则不掌握商业的出货价格，双方更多的是在一种自觉的状态下遵守游戏规则。试想，身为经济动物的企业有哪个会百分之百自觉呢？
佣金制则不然。竞争的加剧已使工商对合作方的成本构成有了更为清晰的认知，以此做决策自然而然就会更加理性，而不会再是一方出台规则、另一方遵照执行的局面。
从工业角度看，理想状态中的佣金制应该是工业给不同商业同样的供货价格，按一定时期（通常是一年）给予佣金奖励，体现多劳多得的平等意识，而不再是按照原来的区域性分片管理。同时，由于是定期发放佣金，能够有效减少经销商间为扩大市场占有率而展开的价格战等恶性竞争，从而在最大程度上避免价格体系被打乱和冲窜货的可能，真正可以形成所谓的全国一体。此外，佣金制使得工业能为不同商业客户提供个性化的、完善的后续支持与管理，从而为双方的共赢创造良好局面。从商业角度看，佣金制则是对其经营水平提出了更高的要求，没有一定实力的企业是很难撑过佣金发放前的那一段“苦日子”的，规模小、资金不够雄厚的中小企业可能会被大量淘汰出局，由此大大提高市场的集中度。最重要的是，佣金制使企业通过操纵价格以获取高额利润的局面一去不复返，这也促使企业更加想方设法提高营运效率、降低成本以提高利润。
现阶段，以赚取批零差价为主要特点的代理制仍是工商间合作普遍采用的形式。不过，应该清楚的一点就是，佣金制背后所体现出的工商平等意识是任何一种合作形式都应该汲取的。
