2012年，我国的化学原料药面临着市场需求和生产成本的双重压力。经济放缓，来自印度等新兴市场的挑战加剧，我国化学原料药的竞争优势被削弱，同时，产能过剩引发的价格战及贸易摩擦危机也相当严峻。
据海关数据显示，今年上半年，我国产原料药品种有45.08%的出口均价在10美元/公斤以下，31.97%的原料药品种出口均价在5美元/公斤以下。出口平均单价同比下降所占的比重达43.41%，究其原因，产能过剩无疑是祸首。
原料药行业的一些领域由于进入门槛低，一些企业为追逐利润，往往采用规模效应，扩大产能，压缩成本，这就导致了产供严重失衡，最终使企业失去价格的话语权，由此陷入被动局面。这是当前很多原料药企业普遍面临的困境。
而另一方面，原辅料、水电煤运等成本依然维持在高位，使医药生产成本不断升高。近几年，原料药企的人工费用（五险一金）持续上涨，对企业的运营也造成了较大的压力，环保和地方财政贡献率等压力越来越突出。同时，GMP的改造也加重了企业的成本压力，一些产品的经营问题十分严峻。例如激素类产品的重要原料黄姜被游资囤积炒作，价格连连上涨，由于没有其他可替代原料，企业叫苦不迭。
发展新业务的途径越来越少也是造成企业的生存空间变窄的原因之一。例如，近几年发展起来的外包业务，因为市场逐步扩大，竞争加剧，前景不乐观。而欧债危机又使外部需求受限，企业的利润增长点不断降低，有些企业在今年上半年业务量上涨30%的情况下，利润却和去年同期持平。
另外，我国医药产品自主创新能力较弱，主要靠低成本进行国际竞争，造成行内互相厮杀，结果是两败俱伤。如我国原料药出口额最大的还是抗感染药、解热镇痛药和维生素三大类，但都属低附加值产品。
到目前为止，我国制药工业97%都是仿制药，制药企业不是在某一点上发展自己独特的优势，而是什么赚钱干什么，这是很严重的问题。
人民币汇率问题仍是制约企业发展的重要因素，人民币升值幅度的不断加大，使附加值较低的大宗原料药及中间体出口压力不断增加。人民币汇率的持续升值，使得我国原料药出口的价格竞争优势正逐渐丧失，对出口企业的经营也形成了一定的压力。
由于我国原料药企业多头出口，无序竞争，产品不特，大而不强，在国际主流市场的主导地位越来越弱。而反观我国原料药的主要竞争对手印度，实力没有我们强，从业人员比我们少，但由于有政府扶持，行业发展很快，近年来大有赶超我国之势。印度利用我国内外销产品的价格差（外销产品价格低于内销产品），低价从我国进口优质原料药，再加工成下游产品后与我国进行竞争。同时，印度发挥政府扶持优势，在技术水平上逐渐与我国企业拉开档次，抢占国际市场。为此，业界普遍担心，在未来数年，我国原料药业将面临来自印度的巨大压力。
