世界各国都对药品进行专项管理与控制，药品在质量、运输等方面均须有专业的、严格的管控，在用药前同样需要有专业的指导与帮助。
而根据相关规定，网上交易药品从流通到消费者环节，可以通过企业的自建物流(符合药监部门的规定)和具有药品配送资质的第三方物流来完成。但在现实中，医药电商依赖第三方物流存在许多弊端。首先，普通的第三方物流企业在速度、质量、温控、病人的用药咨询方面都有很大的风险。其次，每逢节假日第三方物流就会停止运营，很大程度上牵制了业务的正常运转。再者，纵观目前国内送达能力较强的第三方物流，并没有任何一家获得药监部门的药品配送资质。因此，为了保障用药安全、减少由于节假日第三方物流停止运营对企业品牌所造成的伤害和符合药监部门的相关政策规定，建立自有的专业物流配送体系，成为医药电商发展的必由之路。
值得注意的是，自建物流需符合国家颁布的GSP（《药品经营质量管理规范》）。GSP即是英文Good Supply Practice的缩写，意思是良好供应规范，它是旨在控制医药商品流通环节所有可能发生质量事故的因素，防止质量事故发生的一整套管理程序。GSP 认证为药品经营企业提供了规范管理的依据和标准，满足并迎合了企业和消费者的需要。通过 GSP 认证 ，企业的信誉度、消费者对企业的信任程度、营业额以及药品生产厂家的支持各方面都有相当程度的提高。
因此，尽管前期投入巨大，有一定风险，但考虑到各种因素，物流体系的建立将是医药电商的一个正确选择。同时，医药电商的自建物流配送队伍必将要与实体门店进行合作。从目前医药电商整体发展模式来分析，网上销售是趋势，但是网上销售离不开传统门店；而传统门店离开网上销售，也不能得到长足发展。只有传统药店与电子商务有机结合，未来才会获得更大的发展空间，这两种形式都将支撑医药业的长足发展。