经营零售药店，管理者需要在不同的商圈选择不同的门市业态。但是药店如果要产生盈利，在运作过程中除了要非常明确企业本身的经营业态外，还要全面考虑企业总部的整个流通机制，包括物流管理系统、商品计划系统、资讯信息系统、总部机能以及资金流管理等，这些子系统都是大流通系统中必须要建构的，并且要具体运用到每一个门店。这种模式如果能够整合并建构起来，那么门店数量不管是两百家还是五千家，整个运作都能够顺畅。
当然，零售药店在营运过程中要追求顺利，还必须要考虑到供应商。一个企业的经营如果只是企业一厢情愿地去做某些事情，而上游的供应商不乐意配合的话，零售企业还是没有办法满足消费者，进而赢得他们的认可。基于此，零售药店在运作过程当中，必须结合供应商来有效地将商品提供给目标客户。在这个过程中，药店还必须配合供应链里的批发商、制造商，因为药店制订采购策略跟他们有相当大的关系。供应商提供的产品如果没有办法在量和质上形成一个配比，药店在采购时往往会碰到风险点。
除了优化采购策略，零售药店的经营还要注重营销策略，这部分包括产品价格、推广计划、陈列技巧等等。
另外，还要有良好的人事策略，包括选人和用人两个方面。甄选有用人才之后到底要怎么做培训计划，才能把这些有用的人留在药店甚至成为药店的终身员工，也是需要考虑的。
与其他很多行业一样，药店的发展必须赢在起跑点上，所以研发策略也很重要。零售业会受到整个大环境、产业、政策、国际化等种种因素的影响，在某一个时期会遇到经营上的萎缩。药店的研发团队如果平时就能够注意危机管理，在某些特殊情况下（如金融风暴时期），就能够发挥整个团队的才能，帮助企业渡过危机。
再者，药店经营需要重视财务策略。在企业发展过程当中对资金流的掌控非常重要。企业在财务运作中如果操作不当，就可能会产生财务上的赤字，这是非常危险的。
总的来说，药店经营必须要配合好供应链，同时，营销、人才、研发以及财务上的策略也要同步配合，这样才能够让企业真正盈利。
现在中国内地的每一个行业都在跳跃式的成长。随着人口老龄化的加剧，人们个人财富的日渐增加以及对保健观念日益重视，药店这个行业已经成为了不容忽视的零售业。当然，药店也要顺应时代的变迁，转变经营思维。原来的经营思维是以企业为主导的，即只注重企业想卖给顾客什么产品，而不关心顾客到底需要什么产品或者服务，到现在这种想法可以说已经完全过时了。现在的情况是企业提供一个可逛性的卖场给顾客，要想办法通过个性化的设计空间、陈列技巧让商品本身来说话，充分迎合消费者心理，从而使得企业提供给顾客群的商品是最有效的。从某种意义上说，始于顾客的需求，终于顾客的满意，应该是零售药店企业始终要坚持的经营思维。
从长远来看，惟有创新求变、向行业标杆学习、维持一致质量的零售药店企业才能够在激烈的市场竞争中真正胜出。
