管理活动制度化，制度“合理化”，严格执行，并在实践中持续改善，止于至善，这正是台湾长庚医院持续、高效运行发展的重要法宝。
三大核心制度 环环相扣
责任中心、目标管理和绩效管理为长庚医院的三大核心制度。
一是责任中心制。
设立责任中心须同时满足以下6点：明确业务范畴与职权、充分授权、建立健全的会计制度、订立合理的绩效衡量标准、设立合理的内部成本分摊制度、有效的员工与部门奖惩制度。
二是目标管理制。
长庚医院为各项业务或作业设定理论值、参考值、设定值。理论值是理想状态下的目标值；参考值是全球范围内收集到的同类作业的最优值；设定值是当下相关部门人员通过努力有望实现的目标值。目标值通常由下至上提出，最后由行政中心、决策委员会审核通过后进入目标管制。月末绩效考评未达标进入异常管制流程，连续3个月达标，则进一步提升目标值。
三是绩效管理制。
责任中心与对应的岗位均设定可测可得的绩效考核指标及具体标准，考评结果直接与薪酬和奖惩制度联动，激励员工行为。
六类制度分级，层层细化
长庚医院为了将制度落到实处，利于执行，易于监控，始终坚持“流程制度化、制度表单化、表单电脑化”。
具体而言，医院的制度体系由上至下依次分为6层：规则、办法、准则、细则、作业要点、电脑作业说明，囊括人事、总务、医护等14大业务类别。行政中心统一制定普适性、原则性的规章制度，特殊的业务管理办法在行政中心督导下制定。院区、科室可根据实际需要制定实施细则和作业要点。制度、细则等形成后设定统一制度编号、统一设计制度表单，实现电脑线上作业。操作细则等均有配套的计算机作业说明。正式上线前，医院对人员进行培训讲解，并将人员受训考核情况纳入个人绩效。
三种制度监管 直击异常
长庚医院建立了强大的制度监管体系，并将管理的重心由日常事务管理转向异常管理。
监管体系包括3种方式。一是现场监查，包括自主监查和外部监查。各责任中心需定期（如每周、每月）自主检查，并对异常问题立案结案；外部监查，是指管理部、行政中心相关部门定期或不定期对责任中心进行检查，定期向决策委员会主任委员、执行董事等报告。责任中心自主检查和外部监查的异常件数分别在电脑系统中登记立案并设立考核标准，与责任中心及外部监查部门绩效挂钩。
二是计算机监查，主要针对违背制度标准的异常现象进行系统自动跟踪，例如急诊心肌梗塞检验开单至发送报告时间、付费柜台单笔作业时间等，若实际作业时间超过设定标准，系统即记录异常事件，定期统计超标事件率，随即以电子邮件的形式出具异常反映单，通报相关责任人及其上一级主管，要求责任人在规定时限对异常进行处理改善，上级主管负责督导。
三是计算机管制，主要针对流程和设定的工作目标进行提示和连续跟催。延续之前的例子，系统发出异常反映单后即开始对异常事项的处理实行时间管控，责任人若未能在规定时限内结案，系统会再次跟催，并向更高一级主管通报，随即进入跟催时间管控，逾期则上报级别层层升级直至董事长。
