公立医院收入主要有以下4个部分：医疗服务收入、检查收入、药品耗材收入和财政补贴。显然，破除“以药养医”，指的是药品收益不再是医院补偿资金来源。政策意图显然不是用检查和耗材收入替代药品收入，那剩下的补偿资金来源就只有增加医疗服务收入和增加财政补贴了。
通过增加财政补贴来消除“以药养医”是过去三年基层医改的思路，基本药物零差价制度也是这个思路，但是这个做法有待商榷，部分原因是地方政府、没有意愿也没有能力增加财政补贴，根本原因则是财政养医导致论资排辈的平均主义大锅饭分配制度，显著降低了医务人员的工作积极性，加剧了城乡居民的看病难的困境。新的县级公立医院改革方案不再要求由财政来负责医务人员的薪酬，因此，破除“以药养医”就需要配套方案，以提高医疗服务价格和改革医保付费方式。
大致说来，若要真正破除“以药养医”，按照目前的水平，医院的药品收入大致还应挤压掉40%左右（15%+返利+回扣）的水分。与此同时，总体上医院的医疗服务收费要大致翻一番左右，才能真正实现“以医养医”。
需要指出的是，医院这种收入结构的调整，并不会增加患者和医保的经济负担。医院收入的这种“平移”意味着公立医院收入结构的根本性变化，意味着公立医院收入开始走向规范化和透明化，问题是医务人员收入部分能否同样走向规范化和透明化？进一步的问题是，公立医院能否真正获得收入分配自主权和必须与之配套的用人自主权，以建立规范透明的“多劳多得，优绩优酬”制度。而如果医院的实际收入分配走向了论资排辈的平均主义大锅饭制度，医院如何保证效率？
基于同样的道理，医保付费机制改革也会遭遇类似困境。总额预付、DRGs、按人头付费等新型医保付费方式的基本原理是，在保持医院总收入水平不下降的条件下激励医院及其医生尽可能减少不必要的浪费，控制医疗成本。问题是，这些由医生努力降低成本增加的盈余可以全部分配给医务人员吗？能形成公开透明的收入差距吗？如果答案是不能，那医生为什么要以牺牲自己的回扣收入为代价（医院则以牺牲返利为代价）来降低药品和耗材费用呢？如果医生和医院没有降低医药成本的动力，新型医保付费方式改革又有什么意义？
也就是说，若要新型医保付费方式有效发挥作用，有赖于公立医院收入分配制度的改革，这同样面临前述医疗服务价格提高带来的一系列问题。这就涉及到了更深入一步的问题：如何建立和完善公立医院法人治理机制？
上述问题最后都归结为一个问题，我们能够在公立医院垄断医疗服务供给的条件下完成上面的改革吗？
