代表、委员直言基层医疗机构弊端：
2009年开始的新医改，以“保基本、强基层、建机制”作为工作重心。为加强基层医疗卫生机构建设，这两年社区卫生服务中心、村镇卫生院逐步实施了基本药物、“收支两条线”等制度。
尽管提倡慢病、小病、常见病到基层看，但统计发现，广州的基层医疗机构门诊增长量还是比不上三级医院，甚至出现了本可在基层看病的病人向大医院“回流”的趋势，而这一现象被指与基本药物制度和“收支两条线”制度有关。代表、委员们指出，目前基层医疗卫生机构遇到了难题。
基本药物仅680种基层医院不够用
广州市在2010年12月全面启动实施国家基本药物制度。“但问题是，现在的基本药物目录里只有680种药，不够用！”市政协委员、增城新塘医院院长徐柱滔说，实施基本药物制度一年多来，已经有不少村镇卫生院的院长反映，住院量大幅度下降，本来有的病在基层就能搞定的，病人却不得不到县、区的医院甚至广州市区里的大医院来看病、住院，人为造成看病难问题，不仅医疗费用增加，还要付出路费、陪护费。他认为，病人因为基本药物制度而在基层省下的钱，一部分又在大医院花出去了。
市政协委员、市卫生局副局长张立也指出，现在规定基层医疗卫生机构100%要使用基本药物目录里面的药，连一些社保目录里的药都用不了，导致一些慢性病患者或者长期用药患者本来在基层医疗卫生机构就能看病，但因为所需药是在社保目录里的，所以现在要到大医院去排队。
民盟广东省委的提案指出，部分基本药物不能得到保障，部分基本药物定价偏高，部分基本药物利润极低甚至亏本，一些药企就不再提供甚至不再生产这些基本药物，致使某些疾病无基本药物可用。
“收支两条线”后基层医生收入少了
省政协委员、中山大学附属第一医院麻醉科的黄文起指出，医改后政府给基层医院按人头拨经费，但是“收支两条线”后，医生的收入大不如前，很多能开展的治疗也让病人转院，“能不看就不看了，连阑尾（手术）都不想做了”。
民盟广东省委的提案中提出，广东某县基层医疗机构编制充足但实有岗位人员严重不足，其中一个原因就是待遇低，全县基层卫生院工作人员年收入约为42000元/人，远低于该县教师72000元/人的年收入。
省政协委员、省卫生厅党组书记陈元胜表示，“收支两条线”解决了基层医疗机构连工资都发不出的窘迫，问题是缺乏奖惩机制，“看不看、看多少、看好看坏都是这么多钱，没有积极性。广州很多社区卫生中心的医生基本上就坐在那看报纸。”
在这些因素影响下，基层医疗机构门诊的增长量仍然慢于二级以上医院，“按道理是倒过来，大病去大医院，小病去基层，基层医疗机构本来是为解决大医院门诊问题。”省人大代表、广州市卫生局副局长唐小平说。
建议
实施全天候双向转诊制
唐小平提出，目前的基本药物目录在基层还非常不够用，制定的目录不是很切合基层的实际，建议省医改办在修订基本药物名单时要多征求基层的意见。
民盟广东省委会则建议大幅提高基层医疗机构从业人员的待遇，保证公立医疗机构的技术人员群体收入达到社会平均收入的1.5～2.5倍，并制订按年资递增计划。同时建议调整并适度扩大基本药物的品种。
而对目前基层医疗卫生机构患者向大医院“回流”的趋势，民盟广东省委建议建立健全基层医疗机构与区域性大医院（包括三甲医院）的双向转诊制度，整合职工医保、居民医保和新农合三个医保方案，构建全国统一的“居民医保”无差别的全民医保体系，让所有参保人在所有公立医院就诊均享受到零加价的基本药物、免费药物，以及建立基层医疗机构与区域性大医院的信息联网，实施24小时会诊、全天候的双向转诊。
