有消息称，由京东和九州通合资的京东好药师合作陷入僵局，京东方将撤出，原因起于对控股权的争夺，京东想将原先49%的股份增至51%，双方未能达成一致。
电子商务观察员鲁振旺称两个月前得到一些内幕，双方均对对方不满，一开始京东把太多资源放进合资篮子里，效果又不佳。
记者发现以前出现在京东商城首页的“京东好药师”链接已消失，没有了入口。
记者就此事求证京东好药师和京东商城方面：好药师市场总监邵清表示，暂时没有得到股东层面的消息，而好药师在京东首页入口消失是药监局的规定，双方合作良好，将有更好的合作方式。
京东商城相关负责人表示没有得到消息。
2011年7月，京东商城注资九州通旗下的北京好药师大药房连锁有限公司，注资完成后，京东商城将与好药师以合资公司的形式共同运营。药品和医疗器械的采购、仓储、配送将由九州通负责，京东商城利用其B2C优势为北京九州通提供支持。
京东好药师的最近报道停留在去年11月份，报道称，京东好药师每日订单量最高达到1万单，自2012年5月4号正式运营以来的4个多月，好药师累计营业额已近1亿元；已在北京、上海、广州、武汉、成都建立5个大型仓储中心。
