医药商业是将医药工业企业生产的产品配送到终端消费者的媒介。医药商业的上游是医药工业，下游是城市医院（65%）、零售药房（20%）和第三终端（15%）。医药商业分为药品批发、药品零售、特殊药品分销三个业态。其中药品批发占比最高，全国有1.3万家药品批发企业。
医药批发企业的销售功能较弱，实质是物流企业，扮演着“搬运工”的角色，负责把药品配送到医院药房或零售药店。医药批发业务包括纯销、调拨、快批三个业态。纯销是指医药商业企业直接将药品配送到医院。
以上海医药将恒瑞医药生产的奥沙利铂配送到瑞金医院为例，首先由恒瑞医药的销售人员向瑞金医院的临床医生做学术推广，说服医生使用奥沙利铂，瑞金医院同意使用后向上海医药下定单并与其结算，上海医药再与恒瑞医药联系并将奥沙利铂配送到瑞金医院。
调拨是指医药商业企业将药品销售给另外一家商业企业，例如上海医药将恒瑞医药的奥沙利铂销售给深圳一致药业，一致药业再销售给深圳北大医院，上海医药对一致药业的药品销售就称为调拨。
快批主要面向医院和城市药店以外的第三终端，流通环节少，回款快，九州通主要经营此类业务。
药品零售是指药店直接向消费者销售药品（以OTC药品为主），目前全国约有14万家药店。国家对麻醉药品和一类精神药品等特殊药品实现严格的管制，分销环节采用许可证制度，仅国药股份、上海医药和重庆医药有特殊药品分销的经营资格。
医药商业企业主要通过获取进销差价盈利，进销差价分为采购当期实现的纯粹的进销差价和随后实现的返利。进销差价是盈利的主要来源，差价一般为5%左右。纯销是商业企业直接配送到医院，毛利高于调拨。返利是指销售规模和回款速度达到某一指标时，工业企业给予的奖励。此外，第三方物流、贴牌生产、信息服务也是盈利来源之一。
影响医药商业企业竞争力的核心因素是毛利率和期间费用率。毛利率是商业企业的进销差价率，毛利率水平直接决定了公司的盈利能力。毛利率与公司规模、经营品种、业态模式有关。一般来说，规模越大、经营的高毛利品种越多、纯销业务比例越高，毛利率水平越高。期间费用率与销售规模、管理水平、物流系统的效率有关。规模越大、管理水平越高，期间费用率会越低。毛利率与期间费用率的差额，即主营业务利润率直接决定了企业竞争力。
此外，销售规模及所处地区也对商业企业的竞争力有重要影响。具有规模优势的企业才能有效地降低成本，也能增强和上下游企业的谈判能力。销售规模增加主要来自于并购、大股东资产整合、新兴盈利模式等。企业所处地区的药品消费量越大，公司的市场空间越大。北京、长三角和珠三角地区具备产生竞争力强的大型商业企业的条件。
医药商业增速平稳，行业增速与药品销售规模持平，年增速约15%，不是高增长的行业。但行业整合速度将加快，集中度不断提高，收购与被收购是行业的投资主题，投资机会主要来自医药行业板块性机会和外延收购。