继通化东宝、常山药业等药企向广东药交所模式提出修改意见后，中国医药工业科研开发促进会也向该模式发难。
中国药促会认为，药交所模式至少有三个方面存在问题，应予以修改，这与2010年中国医药企业管理协会公开质疑安徽模式不谋而合。而据了解，国内现存的18种药品招标模式几乎无一例外均曾招致诟病，只不过药交所模式面临的责难更为激烈。
于是一个近乎无解的问题应运而生，药品招标究竟应该采取何种方式？或者说，药品招标应该优先满足何种群体的利益？
对于上述问题，政府卫生管理部门、医疗机构及广大病患的意见显然并不一致，但至少在表面上是统一的，即同时兼顾药品质量和价格，逐步降低药品不合理利润及杜绝普遍存在的回扣现象。然而，现存的任何一种模式似乎都难以同时达到这种要求，以至于医改迟迟难以达到各方共同认可的效果。
以屡遭质疑的安徽模式为例，该模式的核心是“双信封招标、量价挂钩、单一货源承诺、生产企业承担配送责任”，此举曾被誉为医改亮点。结果在实务操作中，广大药企发现安徽模式几乎等同于“唯低价是举”，同时医疗机构的积极性也受到了影响。更为重要的是，安徽模式的初衷是根除“以药养医”的顽疾，但实施效果并不明显。
同样，曾被寄予厚望的闵行模式主张“全收全支、二次招标、联合采购、一品一规、一家配送”，该模式据称有利于医药控费，实现医药分离，去年上海方面还一度宣称该模式或将在全国范围内推广。结果时至今日，闵行模式仍然局限在上海市场。有分析认为，闵行模式本质上并未撼动公立医院运行机制，反而将完整市场人为分割，行政色彩过浓。
而药交所模式之前的广东模式则采取“政府主导、分散采购、两票制”的原则，还是被认为“政府说了算”。四川模式、北京社区模式实际上也以政府为主导，均被视为并不成功的药品招标模式。因为在不少人看来，医药品招标最终将走向市场化，结果各招标模式实际上是变相的行政化。
与之相对的是，海南模式、嘉兴模式、武汉模式等主张由市场化力量主导，但业内仍然不买账，认为此举无法避免恶性竞争和药品质量问题。
总之，不管是由政府主导还是偏重市场化原则，药品招标模式最终将沦为吐槽对象。在这种背景下，药交所模式的出台无疑是正中枪口，无论药交所模式主张何种原则，都会被舆论攻击。
实际上，药交所模式可视为一种药品招标模式的创新，该模式与此前的安徽模式存在区别，并不完全以药品价格为唯一衡量因素，只不过在现有的医药环境下，以价格作为主要的衡量标准更易达到公开、透明的要求，毕竟药品质量很难定量描述。在这里，药交所模式不自觉地作出了这种假设，即参与投标的药企均能提供合格的药品。
假设竞标药品均无质量问题，那么在药交所模式下，最低价将成为中标价，医疗机构及药店均应以该价格作为指导价格，以药养医的现象理论上会大大降低，符合病患的诉求。但现在的问题是，病患根本不相信竞标药品不存在安全隐患，而药企更是单方面肯定药交所模式必然会极大地压缩药企利润率。如果要求在药交所模式下，药品价格用市场化力量主导，而药品质量由政府行政控制，两种力量共同参与，那么药交所模式将沦为其他招标模式的翻版，药交所模式将立即失去意义。
当然，由于中国药促会的干预，药交所模式存在变数。客观而言，中国药促会并不能代表药品领域所有的参与方，其提出的意见未必一定公允，不过中国药促会的出面干预，至少表示在一段时间内，药交所模式还将引来更多争议。
