5月17日，《广东省药品交易规则(试行)(征求意见稿)》等5个文件(下称《交易规则》)公开征求意见，引起医药企业强烈反响。此前，中国五家一级行业协会已经联名“上书”有关政府部门，对新规提出了大量修改意见，其中不乏对诸多条款提出猛烈抨击，并呼吁进行“根本性修改”。
9日下午，由E药经理人杂志社主办，中国非处方药物协会、中国医药企业管理协会、中国中药协会、中国医药工业科研开发促进会、中国现代医药物流工作委员会等行业协会以及部分医药界全国人大代表政协委员参与的，关于《广东省药品交易规则(试行)(征求意见稿)》座谈会上，多位代表委员发言指出，《交易规则》提出“转变政府职能，强化市场机制”，但却设立了新的行政许可，干预了市场行为。
其中，《交易规则》为企业参与药品交易设定“入市价”，规定入市价由集中采购工作领导小组确定，企业网上竞价不得高于“入市价”，这被业内认为是一种限制市场准入的行为，应属新设立的行政许可。
而《交易规则》规定医疗机构在药品交易时只能选择拟使用的剂型规格，不能直接选择生产厂家，则被认为限制了作为采购主体的医疗机构的权利。
政协委员、河北以岭药业集团有限公司董事长吴以岭认为，交易规则设立了电子交易平台，目的是通过市场的机制发现价格，但是又对价格产生方式设立了很多的限制，包括入市价格的设定与条件，规定企业竞价过程中后一次报价比前一次低等等。此外，交易规则规定同一生产企业的同一品名只允许一次报名，生产企业必须在报名的配送企业中指定配送企业，配送企业必须直接从生产企业购货、结算及开具发表，对某一品种同一医疗机构只能选择一个配送企业，在交易过程中原则上不许变更等等，都不同程度的干预了市场的主体行为。
在价格机制方面，新规更是被指责为“以低价是取”，可能引发惨烈的药品“价格战”。
有代表委员称，新规则放弃了通过综合评价确定中标企业，基本药物招标虽然采取了经济技术标和商务标综合评审，但经济技术标只占10%权重，价格占90%，基本上仍是最低价者中标。
人大代表、扬子江药业集团董事长徐镜人认为，以最低价为招标价格，有的优秀企业没有性价比优势。
代表委员还指出，《交易规则》没有考虑到我国医药企业存在不同的管理水平、同种药品之间质量存在差异这一客观事实，不开展质量评价，一律以最低价为交易价格，不利于引导企业持续提升药品质量和保障患者用药安全。
人大代表、石药集团有限公司董事长蔡东晨表示，新规则“是一个相对好的办法”，但是他指出，药品是特殊的商品，如果一味追求低价，就可能催生假药，并且最终迫使好药退出市场。
不过，据华夏时报在6月7日的报道中援引 广东某二甲医院院长的话称，广东的药品交易新规无疑比现有的方案要好，至少能在一定程度上遏制药价虚高的现象，“医生回扣”的操作空间也将大大压缩。而之所以遭到药企的强烈反对，是因为挑战了行业的“潜规则”。
此外，药品质量层次划分、竞价频次、剂型合并竞价、低价药界定等也是业内当前质疑的焦点。
