对于目前医保总额控制在实施过程中出现的问题，中国社科院经济研究所研究员朱恒鹏认为，原本的医保逻辑是通过在较大的人群中进行风险分担和互助以实现医保基金风险的可控化，而当下总额控制在实际操作中的一些做法，相当于再度加大了原来通过大数法则化解的风险，“总额控制是一种容易操作的控费方式，但并不是实施效果特别好的方式。”
实际上，医保部门也注意到了目前总额控制在医院层面实施的许多问题，并已提出解决措施希望加以改善。
去年底，多部门联合下发《关于开展基本医疗保险付费总额控制的意见》前夕，人社部副部长胡晓义在开展总额控制工作有关座谈会上强调，必须加强重点监控指标实时监控，并建立部门联动机制加大对违约、违规行为的查处力度，坚决杜绝推诿拒收病人情况的发生。
据了解，由于目前各地的总额预付大部分综合了其他配套医保支付方式改革，地方人社部门针对不同付费方式也明确了不同的监管重点，如广西即要求采取人头付费的要重点防范减少服务内容、降低服务标准等行为，采取按病种付费的要重点防范诊断升级、分解住院等行为，而采取总额预付的则要重点防范服务提供不足、推诿重症患者等。
除完善考核指标体系和加强监管外，医保结算制度也是医保部门尝试解决相关问题的主要途径。人社部中国医疗保险研究会副秘书长孟伟对上证报记者表示，近年来在总额控制结算办法上已有了很大的提高。包括上海此前采取医保基金按月拨付及暂缓拨付的措施，即旨在避免发生年度后期总额指标用完而导致医院强制性限制医保病人就医和医疗的状况。
卫生部门作为新农合的主管部门，除在医保结算、监管考核等方面加强管理外，亦利用其同时主管医疗机构的“一手托两家”优势，从医疗行为过程切入尝试解决问题。
临床路径规范即是卫生部门力推的主要措施，希望通过对各类病种在用药、手术等临床治疗路径上制定标准和进行规范，达到控制医疗费用不合理增长的目的。卫计委卫生发展研究中心研究员王禄生表示，对于目前支付方式改革中出现的负面问题，必须在合理付费的基础上实施临床路径并加以监管。
此外，近年来卫生部门推行的各类医联体和全科医生试点，也被认为能有效改善总额控制的实施效果。中欧国际工商学院[微博]卫生管理与政策中心主任蔡江南即认为，总额预付需要在医联体内才有可能进行，通过医联体内各医疗主体各自的贡献和风险责任等因素来协商医保基金和控费指标的划分，避免总额控制目标和实际支出产生较大背离。
未来全面实施总额控制后可能出现的种种风险亦引起高层重视。上证报记者了解到，此前国务院医改办已对包括改进简单粗暴的分解指标等相关问题进行了研究，但随着国务院机构职能改革意见提出三套医保管理职能合并，未来医保管理究竟归属卫生部门或人社部门尚未决定，总额控制的未来走向又添了几分不确定性。
“目前卫生部门和人社部门对于未来如何实施改进总额控制的具体看法并不一致。”卫生系统某官员对记者表示。仅从目前两部门提出的对总额控制中出现的推诿病人现象的解决措施，即可看出二者思路的不同。
而根据此前国务院机构改革方案，三套医保管理合并将在近期尘埃落定。据上证报记者了解，相关的调研此前已经结束，目前该项工作已进入最后的研讨敲定阶段。
其中，医保支付方式是双方争议的核心。“许多人认为双方都想拿下医保的管理职能是有利可图，实际并不尽然。”上述人士表示。据介绍，目前医保筹资标准是财政主导，医保基金也始终归属财政社保专户管理，为此争取基金管理的话语权并无意义。
具体来看，人社部门专家着重强调“医疗和医保不能混淆”，认为只有通过彻底的管办分开，才能实现医保部门和医疗机构的平等谈判，而卫生部门同时作为医疗机构的管理者，若同时兼具医保管理的职能不具备管办分开的条件。朱恒鹏即认为，当下总额控制出现的许多问题既是在医院层面的不合理操作所致。
卫生部门相关专家则对记者表示，若医保归属人社部门，其制度运行将主要关注财务风险目标，医保没有支持医改其他方面工作的动力，医改将难以持续。其中反映到总额控制等具体问题中，即表现在控费指标将过度强调基金安全而缺乏医疗临床的合理性，必然难以保证医疗质量。
据上证报记者了解，目前确实有医院院长反映总额控制的指标未经协商谈判就下达到医院。对此，相关卫生系统官员对上证报记者表示，一方面医保部门应加强与医疗协会等行业沟通以促使指标制定更加合理，另外，当前也不应过度强调医保基金结余，否则受损的还是患者，如现行卫生部门主管的新农合中即规定年度基金结余不得超过一定比例，否则将给予参保患者二次报销等。
无论医保基金管理未来归属花落谁家，控费压力将长期存在是难以回避的事实。对此，医疗机构和医药企业均表示，希望未来控费目标通过更加合理科学的方式实现，特别是如何在控制费用节省成本，以及鼓励医药产业领域应用创新等矛盾间达到平衡，将是需要长期探索的问题。
