为了破解“看病难，看病贵”，本轮新医改确立了“保基本，强基层，建机制”的工作思路。然而在2013中国农村卫生大会上，国家卫计委有关人士坦率相告：新农合次均住院费用下降不明显，乡镇卫生院整体负债约450亿，基础设施仍然很薄弱。
卫计委基层司副司长聂春雷在大会上的发言较为含蓄，仅称新农合反映的乡镇卫生院次均住院费用“下降不明显”。而据中国农村卫生协会“乡镇卫生院绩效管理研究”课题组的抽样调查，2012年安徽省10个县乡镇卫生院的次均住院费用上涨了6.6%。
作为大致的参照，国家卫计委官方网站公布的数据显示，与去年同期比较，今年1-7月，全国三级公立医院次均住院费用按当年价格上涨3.1%，按可比价格上涨0.7%;二级公立医院次均住院费用按当年价格同比上涨2.1%，按可比价格同比下降0.3%，乡镇卫生院的费用增长之快可见一斑。
“乡镇卫生院绩效管理研究”课题主持者徐杰对本报表示，包括安徽在内，课题组所调研的3省13个县状况都是如此。由于基本药物制度实施之后药品不够使用、药品零差率补偿不到位，乡镇卫生院普遍出现“高价药挡不住，低价药配不上”的状况。知情人士告诉记者，医药代表早已“深入基层”。
聂春雷也在总结农村卫生改革面临的问题时直言，医药费用不合理增长较快，新农合经办机构管理能力有待加强和提高。
另一方面，乡镇卫生院整体的债务问题仍然十分突出。卫计委基层司农卫处处长张并立透露，全国乡镇卫生院实际负债约在450亿元。以江西省某试点卫生院为例，其实际负债100多万，远远超过平均10万元的预估水平。
截至2013年2月，全国共有乡镇卫生院37097所，官方数据称98.8%由政府举办。然而就连卫计委系统人士亦对此持保留态度：“仅辽宁省就有一半的卫生院被承包了。”
“政府不可能包下这么多卫生院。”湖南省益阳市下辖桃江马迹塘镇卫生院院长熊钢说，别说基础设施建设，当地财政对卫生院的人头经费都难以足额发放。
由于待遇难以保障，农村卫生人员流失严重。卫计委的数据称，乡镇卫生院中、高级职称人员流失率达到10%左右，乡村两级卫技人员老化严重，年龄超过55岁的占24.3%。“农村卫生的人才问题，10年来都是如此。”张并立坦言。
张并立透露，下一步将继续明确乡镇卫生院“基本医疗”的功能定位，继续提升其服务能力。同时还将开展乡镇卫生院评审工作，卫计委已在着手制订方案，希望明年能开始实施。他表示，不会完全照搬现行的三级医院评审制度，而将考虑乡镇卫生院的特点。