由于国家政策的推行和新医改的推进，低价代理的模式没了生存空间，许多制药企业既然无法再使用低价招商模式，又不能在短期内自建销售队伍，于是，大部分制药企业开始使用佣金制代理模式，以应对政策变化。
鼎臣咨询认为所谓的佣金制代理模式就是在原有代理商关系基础上制药企业高开票，底价结算，高开和底价之间差额部分一部分用于缴纳税费，一部分返还给代理商，成为代理商的利润和代理的运作成本，返还的部分就是所谓的“佣金”。
佣金制代理模式是对低价代理模式的一种改进，这种改进一方面是以为了应对国家两票制和营改增等相关政策，另一方面也加大了制药企业和代理商的合作。
佣金制代理模式下，一般制药企业会向代理商提前收取市场保证金，以保证代理商能够不违反制药企业的商业合作协议，同时在代理商需要发货时，根据保证金数额，可以压批结算费用，但超过保证金数额的百分数警戒线，则需要代理商支付差额货款。当然，如果制药企业不够强势，或者对市场掌控弱的情况下，是不敢向代理商收取保证金的，而且还要允许代理商压批结算货款。
佣金制代理模式下，制药企业掌握了代理商的利润和运营费用，这时，制药企业就有了较大的话语权和对市场的控制权，比如鼎臣咨询服务的制药企业把低价代理制改为了佣金代理制，就要求代理商必须提供渠道和终端数据，否则不给于返款。而且，由于高开，制药企业有了较大的资金支配权，制药企业可以在对高开的费用进行划分，哪些是代理商的利润，哪些是代理商的运营成本，哪些是市场费用，哪些是下级代理商的费用，等等，这样制药企业可以有较为强有力的方式管理市场或者介入市场。
佣金制代理模式下，佣金返还有三种方法：
一是全额返还：全额返还就是高开和底价结算部分的差额在不存在应收和缴纳税费的前提下全部返还给代理商，这种返还费用方法基本上制药企业对市场掌控较弱，代理商有较强话语权的情况下产生；
二是只返给代理商利润，这时制药企业要明确核算中间的税费、物流费用、其他合作商业的费用、招标费用分摊等等逐项费用，最终核算出来的部分返还给代理商，这种返还方法是制药企业对市场掌控力度较大，代理商在整个产品销售中仅仅是付出了部分工作，而返还的代理商利润，就是佣金，其他费用由制药企业掌控。
三是不返还现金，返还OTC产品、保健品或其他产品。因为OTC产品、保健品或其他产品主要销售渠道不是医疗机构，所以受政策影响不大，一些制药企业为了打开OTC产品、保健品或其他产品的销路，于是和代理商协商，在较大折扣下把代理商的利润性佣金折算成OTC产品、保健品或其他产品，这样代理商通过自有渠道销售OTC产品、保健品或其他产品可以获得更高的收益。
鼎臣咨询认为：佣金代理制虽然可以避免两票制的政策，但也存在一些经营性风险：
一是制药企业高开，税务压力增大，合规性增大，很容易被税务部门查处，上海复旦复华因收受虚开增值税专用发票，被罚款2.6亿元，导致复旦夏华面临被实施退市风险警示处理（即*ST处理）。
二是由于代理商掌控着终端和渠道资源，在制药企业没能完全掌控市场的情况下，代理容易发生串货、乱价等不规范行为。代理商可能存在通过地方的关系提前把货款结算出来。
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