笔者认为，在药品招标采购环节，相关部门更应注重循序渐进，应考虑保留基层医疗机构的用药习惯特性，并且给予基层医疗机构在药品采购过程中一定的话语权和选择权，这样“零差率”的初衷才能更好的得以实现。
药品实行“零差率”销售，从根本上去掉了基层医疗机构获得药品利润的空间。在乡镇卫生院，由这种模式造成的药品价格下降趋势十分明显。例如，某地基层医院临床上常用的头孢拉定注射液（0.5g/支）、地塞米松注射液（2mg/1ml）、5%葡萄糖注射液（250ml/瓶）、氟哌酸胶囊（0.1g×12粒/板），其进价和零售价分别为0.75元和3元，0.06元和0.45元，1.10元和4元，0.30元和1元。实行“零差率”后，上述药品降幅分别达到75%、88%、73%和70%，平均降幅达到76.75%。药品价格如此剧降，确实让人感到“零差率”具有真正意义上的“釜底抽薪”的作用，患者得到了更多实惠，看病难也有所缓解。
但是，同任何事物一样，“零差率”有了良好的开局也只是序幕，怎样向着更好的方向发展以及如何防止发展过程中出现纰漏和偏差仍是关键。从目前某些乡镇卫生院实行“零差率”的实际情况看，表现较为突出的一个问题是，在对进药途径、品种、产地进行改变后，药品价格随之迅速发生变化。如上述5%葡萄糖注射液、氟哌酸胶囊在改变进药途径、产地后，价格分别变成了3.5元/瓶、1.29元/板。很明显，前者的降幅已由原来73%缩小为12.5%，后者70%的降幅不仅发生了变化，而且药价更高了。
无疑，基层医疗机构药品实行“零差率”销售，群众最看重的还是药价降了没有，降到什么程度。而程度值自然是通过与原来药品零售价进行对比得来的。然而，随着实行药品统一招标采购管理，许多药品的进药途径、产地、规格开始发生变化，这种变化首先造成原来的许多“参照物”消失了，并且药价也发生了变化。
因此，应尽量避免因为进药途径、产地、规格的变化，而让由“零差率”的优势不复存在或变得微乎其微，尤其是个别药品的不降反升。如果这种情况变得十分普遍，那么以降价作为资本的“零差率”，就会变得有些难堪。