根据SFDA数据显示，我国至今具有互联网药品交易服务资格的企业共有67家，其中向个人消费者提供药品的B2C模式企业有36家，与其他企业进行药品交易的B2B模式有23家，第三方交易服务平台模式有8家。医药电子商务的B2B、B2C不同于传统的批发和零售，其经营理念和业务运作方式更高效，信息流、商流、资金流、物流等“四流”一体化、电子化和网络化，对物流配送的要求更高。
然而，我国医药电子商务的物流配送体系正处于建设和发展初期，面临很多挑战，具体表现在以下6个方面：
1.政策限制，根据《互联网药品交易服务审批暂行规定》，只有同时具备《互联网药品交易服务资格证》和《互联网药品信息服务资格证》的企业才能开展网络售药。
2.物流配送不同于医疗机构的整件货物配送，其配送的订单数更多、单次订单购货量更小、客户的分布更散，这就要求物流配送中心或配货站必须能够支持最小包装药品的高效率拆零、分拣、复核、出库、配送等。整包装拆零、分拣能力的高低将决定物流配送的准确性和效率。
3.需要具备GSP认证资质，随着国家GSP标准的提高，软硬件的要求更高。医药电子商务企业通常不具备此资质，也不具备与之配套的物流中心，需要与符合GSP要求的、拥有先进物流技术和设备的医药物流公司合作。
4.“最后一公里”是医药电子商务的关键，因此要建立相应的配送网点，配备专业的医药配送人员，进行点对点的配送，并提供药学服务。
5.通过网络实现销售，对信息化、电子化的要求更高，必须保证销售全过程信息记录的完整性和实时性。消费者通常对网上购物缺乏信任度，尤其对于关系到身体健康的产品，人们更愿意在医院和药店获得。
6.按照GSP的要求，售药机构必须配备执（从）业药师提供专业咨询，处理用药中的各种复杂问题，由于网上销售难以实现面对面的交流，药事纠纷应运而生。
据有关资料显示，2010年，美国的网上药品销售规模已接近1700亿美元，占整个药品零售市场的比例接近30%，最大的网上药店CVS的年营业额超过150亿美元。相比之下，去年，我国药品零售市场规模约1739亿元，网上售药微乎其微，比例不到1%；九州通作为全国最大的医药电子商务销售商，在B2B方面的销量也才突破10个亿。
医药电子商务孕育着巨大的生命力，笔者认为可从以下方面进行突破：
1.国家从政策层面松绑，推动医药电子商务的发展。比如建立医药电子商务的行业发展规划，扩大医药电子商务交易服务资格的审批数量，放开对处方药的销售权限，实行与实体店一样的管理。
2.由于医药电子商务处于新兴的发展期，很多医药企业还没有将其作为一个发展方向，触网的医药企业并不是很多。国家不妨对开展医药电子商务的先进企业给予政策上的倾斜和支持。
3.加强对网络售药的全过程监管，严厉打击无证经营、违法经营以及无药品安全保证的销售方式，严密监管网络药品宣传，严防利用网络对消费者的欺诈行为，增加公信力。
4.鼓励医药企业与互联网企业有效地进行资源整合，优势互补和共享。九州通与京东商城的合作就是一个例证。
5.建立包括采购、仓储、拆零、分拣、出库、配送等网上售药的物流管理规范，保证全过程符合GSP要求，保证药品的安全。
6.结合网络的特点，重新构建医药供应链，探索新型的销售模式。