在1月6日召开的2012年全国卫生工作会议上，卫生部党组书记张茅指出，“十二五”是深化医改的攻坚阶段，也是建立基本医疗卫生制度的关键时期。国务院正在制定的“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划，将成为深化医改新阶段的行动纲领。卫生行政部门必须及早谋划，在创新机制上下功夫，重点抓好五项改革。
一是健全基本医疗保障制度。“十二五”时期，基本医疗保障制度要由扩大范围转向提升质量。各地医疗卫生部门要适应社会医疗保险制度不断发展的要求，主动加强管理、改善服务、控制成本，加强部门间沟通、配合、协作，使基本医疗保障制度实现持续稳定发展。要把新农合制度巩固好、完善好、发展好。着力提高参合农民实际受益水平，推动新农合支付方式改革。
二是巩固完善基层医疗卫生机构运行新机制。深化基层医疗卫生机构管理体制、运行机制等改革，建立有保障、有效率、可持续的基层医疗卫生机构发展模式。继续推进基层医疗卫生机构综合改革，使基层医疗卫生机构尽快进入保公益、转机制、重服务、增效率、可持续的健康发展轨道。继续支持基层医疗卫生机构标准化建设。以城乡基层为重点，加强中医医疗服务能力建设。
三是以县级医院为重点，全面推进公立医院改革。继续落实政策，大力促进非公有医疗机构发展，形成多元办医格局。综合推进投入补偿、服务价格政策调整和支付制度改革，实现医药分开，加强重点专科、特岗人才建设，强化运用适宜技术和基本药物。通过改革和能力建设，在较短时间内使30万人口以上的县市至少有1所医院达到二甲水平。
四是巩固完善国家基本药物制度。在前三年工作基础上，扩大基本药物制度实施范围，在所有的村级卫生机构、非政府举办的基层医疗卫生机构、有条件的县级医院改革试点单位，全面实施基本药物制度。在其他各类医疗机构全面配备、优先使用基本药物。完善国家基本药物目录，规范基本药物标准、剂型、规格和包装，规范地方增补品种。
五是着力提高公共卫生服务均等化水平。基本公共卫生服务要在拓展深化服务内容的同时，努力提升服务质量。从广度上保障基本公共卫生服务的覆盖范围，从深度上推进基本公共卫生服务均等化的精细化管理。