战略成本管理体系的建立，对于医药商业企业同样是重要的。然而，与制药领域相比，医药商业领域外部链条相对较短，且医药行业内的一些商业惯例，如销售返点的做法使得商业企业很难准确估计采购成本和销售费用，这在一定程度上增加了商业企业外部价值链成本控制的难度。因此，在成本管理上，商业企业需要注重从内部控制寻求突破。尤其是对于大肆进行兼并重组的医药巨头而言，各个子公司之间的调拨交易非常频繁，内部资源有效整合就显得尤为重要。
一、物流成本控制
1954年，美国经济学家鲍尔·康柏斯提出，物流是“市场营销的另一半”；英国著名经济学家克里斯多夫也认为：“真正的竞争不是企业与企业之间的竞争，而是供应链与供应链之间的竞争”。事实上，我国医药商业企业正在大力发展现代医药物流，同时基于医药商业企业在产业链的处境，物流成本也是企业的主要可控成本，因此对物流成本的控制是成本控制系统的重中之重。
1、从功能管理转向过程管理
传统的医药商业流通将采购、存储、分装，销售、配送等功能活动分割开来、独立运作，而这些功能都具有各自独立的目标和计划，它们可能会发生冲突，增加内耗，提高成本。所以，想要药品销售全过程的协调一致、低成本运作，就要对商业企业运作各个环节采用过程管理。也就是说，对物流成本的管理不应只关注特定的物流活动本身，实现某个物流活动成本的削减。因此，我国的医药商业企业必须实现从功能管理向过程管理的转变，即从药品的采购到储存、养护、运输的各个环节的每一道工序采用标准操作规程管理，协调一致、统一行动，严格控制费用。
2、制定供应链运营计划
一条完整的供应链大致可以分为顾客定购、补充库存、生产和获取资源四个环节。供应链运营计划主要是通过对库存、运输、设施和信息的规划，实现阶段性供应链运营目标。具体而言，就是处理每个顾客订单的过程，包括接受订单、分配任务、规定订单完成时间、确定库存、选择运输路线、发货和起运等活动。根据计划实现的结果，企业可以进行供应商成本分析、客户盈利情况分析、产品盈利情况分析等分析，再通过分析结果制定下一阶段计划，以控制整体成本，降低不确定性。
3、慎重发展现代化物流中心
近年来，不少医药商业都在大肆兴建现代化物流中心，尤其是实力强大的医药巨头。从行业发展的趋势来看，合理运用科技化是未来医药流通领域的发展潮流。但尽管现代化物流中心无论是在硬件还是在软件上确实都堪称一流，但建立现代物流配送体系存在利润低、回报期长、投资不一定能获得合理回报、受国家和当地政府政策影响大等因素，并不是所有企业都适合走这条发展道路的。因此，企业在决策前一定要进行核算项目的利弊得失，并考虑国内物流基础设施能否和行业发展配套，若干年后能否跟上行业潮流，项目实施后能否持续实现创新经营，管理成本能否控制好，标准化程度高和现有企业经营质量低的冲突能否妥善解决等问题，这是一个系统的全面控制的过程。
4、建立物流成本核算体系
可以说，目前绝大部分商业企业都很重视物流成本核算体系的完善。但需要强调的是，在同样的物流流程中，其作业量可能相当，但由于流程时间的不同，将可能导致库存持有成本、订单响应成本、缺货成本都不一样，分配的成本也可能有所区别。同时，对于企业而言，过长的物流时间将会带来产品积压、过期、贬值等风险，还可能因为不能及时履行订单而带来违约处罚和市场损失等成本。因此，企业在进行产品物流成本核算时，必须注重发掘隐性成本，建立将作业与时间相结合的成本核算体系。
二、人力资源成本控制
目前，我国大多数商业企业都有自己的仓储和配送人员，如果按照年销售快配业务6亿元的规模估算，药企的仓储和配送人员将不会少于130人。按照人均年人工成本2.5万元计算，则物流业务的人工总成本将不低于325万元。尤其是新《劳动法》实施后，对以人工作业为主的医药物流企业而言，人力成本的增长是企业经营的又一大“痛”。
同时，我国医药企业尤其是民营企业，在员工合同、用人制度、社保福利等方面仍有待完善，国家用法规对这些进行规范从长远而言是利大于弊。对大多数在用人方面不够规范的企业来说，如果将各项用人、薪酬制度全面完善起来，人工成本的增长将超过30%。此外，随着企业的跨越式发展，每新建一家规模型的异地分公司，就需要大量成熟的经营和作业人员加盟，但是，人才招聘也成为制约企业发展的严峻问题。
因此，为降低人力资源成本，企业应该通过流程优化和规范性用人，合理调动员工的人力资源与积极性，而不应该单纯地把用人当成成本支出。如果条件允许，企业可以充分盘活仓储、运输资源，对外开展面对学校和社会的第三方物流培训，与学校进行校企联办开展“实习生”计划，对外开展物流师培训、保管员与复核员等技能培训，既可以降低综合用人成本，也能把仓库变成一个新的盈利点。同时，提升对现有员工的投入成本，如增加培训学习机会等，以此获得员工工作意愿和工作激情，最终以提升工作效能来促进成本降低。
三、税收成本控制
相关数据显示，2011年路桥费、罚款、税收等税费成本，占到物流企业成本的50%左右。可以说，税收这样的体制性成本，已经成为物流企业的“硬成本”，医药商业企业同样无法回避。因此，医药商业企业必须树立税收成本意识，主要可以从以下几方面入手：1、以成本效益为核心，强化税收筹划；2、加强企业纳税意识，减少企业遵从成本；3、开展企业内部纳税审计，完善内部监督机制；4、加强税企之间的协调，建立良好税际关系；5、提高办税人员的执业水平和专业素质能力。
四、成本控制信息系统
基于上述各项管控措施，企业可以建立内部成本控制信息系统。此系统能将成本控制理念、组织模式、控制方法、实施流程和原始信息有效地集成起来，予以标准化，构建一个完整的电子化管理平台，并与企业其他管理控制系统整合，确保成本控制系统高效运转。例如企业资源计划系统（ERP）是一种可以实现跨地区、跨部门整合实时信息的企业管理信息系统，它包含战略、运营、技术架构三个层面，成本管理就是其中一个组成部分，包括成本计划、成本核算、成本分析和辅助管理决策等模块，并通过重过帐、直接作业分配、成本中心分摊、间接费用法和订单计算实现集成化成本管理。
