在1月5日召开的2012年全国卫生工作会议上，卫生部部长陈竺强调，“十二五”时期，仍是深化医改大有可为的战略机遇期，需要进一步突破八个关键问题。
一是全面取消以药补医，理顺补偿机制。各地卫生行政部门要按照“十二五”医改规划的部署和要求，主动争取政府领导，努力创造条件，落实取消以药补医相关政策，充分发挥医保补偿作用，稳步推进价格改革，争取“十二五”期间在全系统稳妥有序地革除以药补医弊端。
二是全面推进支付制度改革。卫生行政部门要充分发挥既管新农合又管服务提供的优势，率先推进新农合的支付制度改革。同时，与医保、物价等其他相关部门协调，抓紧总结各地近年来试点经验，制定实施方案，确定适应不同层次医疗机构、不同类型服务的支付方式，用总额预付、按病种、按服务单元、按人头等支付方式替代按项目付费。把临床路径与支付制度改革结合起来，做好费用测算等基础性工作，确保支付制度改革与取消以药补医同步推进。
三是强化新农合的风险保护机制，合理设置管理体制。2012年，政府对新农合的补助将提高到240元，各地区要从新增资金中划出一定比例，建立省级统筹基金，用于重特大疾病保障，并与医疗救助有效衔接，使重特大疾病补偿水平达到90%左右。
四是巩固完善基层医疗卫生机构运行新机制。继续坚持“保基本、强基层、建机制”的基本原则，不断巩固城乡基层医疗卫生机构综合改革成果。切实巩固基本药物制度的实施效果，推动基本药物制度在城乡基层医疗卫生机构实现常态化健康有效运行。要按照国务院有关文件要求，继续推进村卫生室标准化建设，落实对乡村医生的各项政策。“十二五”期间，进一步研究并妥善解决其身份和保障待遇，不断加强培养培训，提高服务能力，确保基层网底不破。
五是全面建立信息公开制度，促进医疗机构良性竞争。“十二五”期间，各级卫生行政部门要建立医疗服务信息公开发布制度，将辖区内医疗机构的服务安全、质量、费用等信息进行排序，定期向社会发布。转变管理理念，从维护患者权益的高度认识这项工作的重要性，把改革监管方式作为深化改革的重要措施，推动医疗机构改进服务，形成良性竞争。贯彻落实鼓励社会资本办医的各项政策，新增医疗服务资源优先考虑社会资本并在政策和管理上一视同仁，鼓励社会资本举办非营利医疗机构。
六是创新工作方式，全面落实基本公共卫生服务均等化。“十二五”期间，要创新组织领导方式，创新工作方式，创新服务内容，逐步增加基本公共卫生服务和重大公共卫生服务项目，扩大群众受益范围。充分发挥中医药在预防保健中的作用，推广中医药预防适宜技术。严格目标管理，进一步完善规范化、精细化的工作标准、技术规范、服务流程，强化绩效考核。通过扎实有效的工作，为实现“健康中国2020”打下坚实基础。
七是全面推进药品集中采购。“十二五”期间，要在总结过去药品集中招标采购经验基础上，完善制度、全面推进。要统一药品采购平台、统一采购办法，实行质量优先、招采合一、量价挂钩。逐步将耗材、设备采购纳入集中招标采购范围。
八是创新人才培养和分配激励机制。“十二五”期间要继续探索、取得更大突破。进一步完善医学教育体制。加大全科医生培养力度。建立和实施住院医师培养制度。创新基层人才培养使用机制，建立特岗医生制度，扩大订单定向免费培养规模。大力培养护理、公共卫生、中医药、卫生管理等各类紧缺人才和高层次医教研人才。创新医务人员分配激励机制，建立符合医疗卫生行业特点的薪酬制度，完善体现医务劳动价值的收入分配机制，提高医务人员总体收入水平。