2012年，新农合将以提高筹资水平为契机，适度调整基金支出结构和新农合补偿方案，进一步提高保障水平，探索建立多层次的重大疾病保障体系。
支付方式改革将探讨用总额预付、按病种、按单元、按人头等支付方式替代按项目付费。
扩大试点有资质的商业保险机构参与新农合经办服务将带来基层市场的极大扩容。
日前，卫生部新闻办公室发布2012年新农合工作要点，除继续提高新农合筹资标准和保障水平、强化新农合监督管理、扎实做好新农合精细化管理外，关于新农合支付方式和探索商业保险机构参与新农合经办服务试点工作的改革无疑颇为引人瞩目。具体来看，2012年新农合工作要点为以下几方面：
一、进一步提高新农合筹资标准和保障水平
全国新农合参合率继续保持在95%以上，人均筹资水平达到300元左右，其中各级政府财政补助标准达到每人每年240元（到2015年，新农合政府补助标准将提高到每人每年360元以上）。新农合政策范围住院费用报销比例达到75%左右，最高支付限额不低于全国农民人均纯收入的8倍，且不低于6万元。普遍开展门诊医疗费用统筹，逐步提高门诊补偿水平，继续推行特殊门诊补偿及住院分娩补偿政策。提高新农合对重大疾病的保障水平，力争使相关病种新农合实际报销比例达到70%左右。其中包括探索建立省级统筹的重特大疾病保障基金，以省（区、市）为单位全面推开儿童白血病、先心病、终末期肾病、妇女乳腺癌、宫颈癌、重性精神疾病、耐药肺结核、艾滋病机会性感染等8类重大疾病保障工作，不断提高保障水平；在1/3左右的统筹地区，将血友病、慢性粒细胞白血病、唇腭裂、肺癌、食道癌、胃癌、I型糖尿病、甲亢、急性心肌梗塞、脑梗死、结肠癌、直肠癌等12类疾病纳入农村居民重大疾病保障试点范围。
二、加快推进新农合支付方式改革
以新农合支付方式改革为抓手，进一步规范医疗服务行为，控制医药费用不合理增长，推动基层医疗卫生机构转换运行机制，为县级公立医院改革提供有力支持。确定适应不同层次医疗机构、不同类型服务的支付方式，用总额预付、按病种、按单元、按人头等支付方式替代按项目付费，控制费用，提高服务绩效。要把临床路径与支付制度改革结合起来，做好费用测算等基础性工作，确保支付制度改革与取消以药补医同步推进。
对新农合支付方式的改革，卫生部农村卫生司司长杨青简单解释为：今后做阑尾炎手术，拍片、化验、心电图将打包收费，医院要是高收费得自己添钱。比如阑尾炎，根据临床路径把它打成包，如果平均下来在这个地方是2500块钱，医院超了500块钱，那么医疗机构要承担300块钱的费用，以此来控制不合理的费用发生。此外，今年对新农合支付方式的改革也是在为今后公立医院的改革提供方向，据悉今年卫生部拟通过费用测算等工作，控制医药费用不合理增长，推动公立医院改革，取消以药补医。“今年将选择300家县级医院作为公立医院改革试点，控制医药费用过快上涨。”卫生部副部长马晓伟表示。
三、积极探索商业保险机构参与新农合经办服务试点工作
扩大试点有资质的商业保险机构参与新农合经办服务，探索利用新农合基金购买商业大病保险，推动形成多重补充医疗保险机制，分担重特大疾病高额医疗费用。
事实上，新农合基金购买商业大病保险做补充目前已在西藏、内蒙古赤峰等个别地区进行试点。以内蒙古赤峰为例，其从新农合人均筹资240元中提取10元，用于购买大额医疗补助保险，加入商业保险后，参合农民住院补偿封顶线提高至20万元，与当地城镇职工医保的补偿封顶线拉平，极大地分担了重特大疾病的高额医疗费用。虽然只有10元，但相关专家推测，按2011年全国新农合人数8.32亿人推算，一旦试点工作在全国范围内推广，仅此项就将新增医疗支付近500亿元，如果新增支付能力过半用于药品消费，加上个人缴费增加等因素，基层市场的扩容将非常可观。
与此同时，按上述估算新农合也将为保险公司提供超过80亿元的保费，但这也对其经营能力和网点扩张提出了更高的要求，但就目前人保财险在西藏的推广来看，由于下设网点不能覆盖当地绝大多数农牧民，部分承保工作只能依靠当地医管办和乡政卫生所来完成，风险把控很可能出现漏洞。“尤其值得注意的是，参加新农合基数庞大，保险公司无法对所有参保人体检，无形加大了出险赔付风险，再则，道德风险有时很难避免，例如乱看病、乱开药在各地并不鲜见。这将需要政府、医疗机构和保险公司共同做好风险把控工作。”人保财险相关负责人坦言。
四、继续强化新农合监督管理
加强督导检查力度，指导各地进一步规范新农合基金使用和管理，健全监督制约机制，堵塞漏洞，保障新农合基金安全。
为加强新农合基金的管理，卫生部在原制度的基础上强调:严格新农合基金的财务会计制度。新农合基金是独立建账，封闭运行的；加强监督检查和审计。建议国家统计署对新农合基金继续进行审计；推进支付方式改革，把不合理的费用控制住，以有限的新农合基金让参合农民得到最大化受益；加快信息化建设。通过互联网的信息化建设，减少跑冒滴漏，杜绝假发票的行为。同时新农合还采取了县、乡、村三级公示制度，通过费用的公示让所有的人都可以直接参与监督。
五、扎实做好新农合精细化管理
加快新农合信息化建设，指导各地快速推进“一卡通”试点工作。认真总结新农合制度实施10年来的经验，推动《新型农村合作医疗管理条例》及早出台。