分析各时期的“医药分开”政策，无论是“收支分开”、“与营销分开”和“与收入分开”，其目的都是抑制医药费用的不合理增长。
“收支分开”是将药品收支与医院其它财务科目单列，建立了考核和约束指标，但没有切断任何利益。“与营销分开”从推行和试点情况看没有取得理想效果，从理论上看“切断医疗机构和药品营销之间的直接经济利益联系”这一定义也不准确。首先，只要医院有药品销售收益经济利益联系就切不断。其次，以医疗机构为“着力点”，约束医生处方行为的机制和措施没有提及。再次，将药品营销视作“洪水猛兽”并不公允，事实上利用好药品营销，也能达到抑制医生过度用药的作用，假如医院以接近“出厂价”和“底价”的价格购进药品，过度用药对医生的激励即被切断。
“与收入分开”看似简单，实则荒谬。取消药品加成从表面看实现了“切断药品收入与医院的经济联系”，但与医生的联系未必能切断，也未必能达“医药分开”目的，制度设计也不合理。首先，仍以医疗机构为“着力点”，约束医生处方行为的机制和措施没有提及。其次，实施“零差率”后价格机制对医院失效，在药价虚高情况下不利于调动医院降低采购价的动力。再次，医院提供药事服务却不能获得适当补偿，不符合经济规律。
我建议“医药分开”政策定义为“将药品购销行为与医生处方行为之间的利益关系分开，切断过度用药对医院和医生的激励机制，遏制医药费用不合理增长”。
遏制不合理用药和医药费用过快增长，去除激励机制是条件、合理用药是基础。目前医药科学高速发展，新的药物不断出现，新的机理被不断发现，药学的专业性越来越强，临床医生处方中在药品选择，用法、用量、疗程，联合用药，溶媒使用及配伍禁忌方面存在问题非常突出，“将处方权和调配处方权分离，突出药剂师的独立性和参与程度，确保用药的合理性和安全性”十分必要。
“利益分开”不应以牺牲合理用药为代价。“零差率”切断了过度用药对医院的激励，但要切断对医生的激励，必然要使药价“探底”，但在目前信用普遍缺失的社会条件下，单纯靠药价高低选择药品将危及药品质量，使“安全用药”情况堪忧。值得注意的是，目前社会药店一方面执业药师缺乏，另一方面数量众多、竞争激烈，即使设有执业药师也往往形同虚设，很难独立开展药事服务。在目前情况下，贸然剥离门诊药房是危险的。
所以“机构分开”不宜作为政策选择。原因在于：不能切断利益：事实上医药企业先将未通过招标的药品交由指定药店代销、再到医院做医生“工作”的现象已存在多年，管不住医生的笔，仅剥离药房无法抑制过度用药、实现医药分开，于事无补。即使门诊药房剥离后门诊过度用药的机制被切断，住院过度用药的机制依然存在。根据卫生部的数据，2010年住院药品费用占医院药品费用的48%；牺牲专业分开。目前社会零售药店执业药师数量不足，从业人员专业素食良莠不齐，无法承担专业药事服务工作。