药品流通环节价格管理暂行办法出台后，业内引起轩然大波，但据此断言实行流通环节差价率将终结代理制，终结药品价格虚高都还为时尚早。
严格意义上讲，实行流通环节差价率管理将彻底终结底价代理方式，能够正常解决二票制问题的企业并不受影响，代理方式并没有改变，也不需要改变。这和一些企业早前用自己的队伍从高开返点变为底价结算再转变回去是一个道理，只是结算方式的一种改变。企业也不必因此就选择开始自建队伍自建终端，代理制本身是一种市场化的演变和市场的自然选择、自然进化。对企业而言，无论自营还是代理合作，哪种方式更适合自己选择哪种。采用代理制方式企业投入低，运作风险低，回报快，可以很快拥有成熟的销售渠道和网络，没有必要舍此求他。无论是用何种方式处理，代理制依然存在。改变的是企业和代理客户之间的关系，由之前的相对松散变为紧密一体，由之前的市场主导变为上游企业主导。企业财务处理能力强不强，够不够，快不快，企业是否诚信，是代理客户的最大心病。没有处理能力的就只能将产品关停并转限，处理不及时的就只能天天求爷爷告奶奶收紧资金链，企业不诚信占压资金收回市场收回产品的也就彻底冷了客户的心。受影响最大的是这样几类企业，一是体制与市场不接轨，财务处理能力跟不上的；二是销售额过大，产品过多，财务处理起来实在惊人的，必定要有取舍；三是受合作方式限制，有心无力，受制于人，企业能处理多少处理多少。受影响最大的是利润，从企业到客户利润普遍降低。
但是这样举国瞩目的大动作是否对药品价格有实质性影响？我们先看药品零售价格，除了政府调整价格，企业不会主动去降。再看出厂价格，企业历来是按零售价格报成本，正常向商业供货也是接近批发价，只需给商业留出3-5%，最多8%的配送费用。而按流通环节价格管理办法，以最普遍的200元以下药品为例，批发环节差价率提高到最低15%+3元，最高30%，流通环节费用比之前猛增了15-25%，如果理解为给配送商业的费用，是否有此必要？这部分费用除了压缩企业利润没有其他可出的地方，但药品零售价格并不会降低，对于新产品企业还要想办法把这部分费用含到价格成本中，实际是在增加药品成本和药品价格。如果理解为给代理商业的运作费用，代理环节基本生存都存在问题，企业生存也自然受到影响。
再看医疗机构差价率，同样以200元以下药品为例，取消药品加成，代之以最低10%+3元，最高25%的差价率，单价40元以下的药品其实都比之前15%的加成更高，一些药品还可以拆成小包装执行最高差价率，药品价格比之前最高上浮10%。但是医疗机构会主动选择低价药品，能彻底改变医生一支笔，厂家跟着一路小跑的局面吗？如果将差价率理解为医院自收自支的利润来源对企业而言这一块支出没变，还是按之前的临床费用。如果将差价率理解为医院向病人收取的零售价格，病人增加医疗费用的同时，企业也要增加营销费用。
政府政策设计初衷是好的，但是对医药行业生产企业和流通环节的实际运作情况了解还不够深入，政策调控方向不清晰，即使与治疗路径费用控制相结合，单纯就药品价格而言并没有降低，压缩的只是企业和销售环节的利润，患者的负担并没有减轻，企业的负担却要加重。