医疗体制改革的成就有目共睹,而公立医院药品“零差率”的做法看起来很美，但其实是医疗体制改革全局中并不高明的一步棋，期待以此来解决药价贵和处方腐败的问题，恐怕结果是大相径庭，而且还可能增加政府对医疗系统管理的复杂性和不确定性，不利于行业的健康发展。
首先，不能成为降低药价和减少用药量的必要手段。决定药品价格的源头是竞争和定价权，竞争是通过消费者的选择来降低价格，定价权则是政府起主导作用。“药品零差价”后，医院少得的利润要么从医疗服务价格中找补，要么政府补贴；不论是保险报销还是政府财政出钱，最终还是老百姓埋单。说实行药品“零差价”降低医院用药欲望，从而减少医院用药量恐怕也是自欺欺人。在医生处方缺乏约束监督机制的状态下，医生的笔永远是“绝对权力”，和医院的愿望不存在必然联系，况且那些不良医生过度用药的动力从来就和医院进销差价没有关系。
其次，不能成为解决处方腐败问题的有效策略。处方腐败的灰色动力在定价系统，和医院药品进销差率没有关系。如果说有关系，则可能是100元零售价的药品零差率后卖85元，用于灰色费用的预算可能从20元降低为17元了，费用更加宽裕。一般潜规则，企业是根据产品的零售价格比率对处方相关环节实施贿赂，零差率使零售价格降低，则相应的灰色兑费比例降低，但可支配的灰色费用并没有受到冲击。
第三，不利于医疗体系健康发展。医疗行业改善机制需要通过竞争格局变革才可能建立，医疗服务缺乏内生改善动力。一种必然的规律是，只要足以竞争的非公立医疗体系不成长起来，公立医院的服务质量和腐败弊端就难以根本改善。“零差率”的政府补贴并不会涉及非公立医院，也不会管社会零售药房，如此造成的权力洼地自然为非公立医疗体系形成了“水源阻断”，先天不足的市场环境和大力发展非公医疗体系的政府规划形成了矛盾，对整个医疗体系的健康发展是一种制约。
第四，不利于医药行业集约化形成。有人不明白为什么医药市场如此折腾，医药流通企业和生产企业的数量下降的幅度不大？事实上，医药市场表现出来的是地方割据状态，所谓的地方保护主义是必然现象。“零差率”政府补贴的做法最终要表现在公立医院的竞争优势上，也就必然强化医疗系统的公立独大、江山一统的格局，于是，医药市场地方割据、地方保护的现状就不可能被打破。中国市场幅员辽阔，小企业的生存机会就大，和政府倡导的集约化、规模化发展的战略就形成矛盾。
第五，增加政府对医疗系统管理的复杂性和不确定性。药品“零差价”的背后，要面临一系列复杂的支撑体系和费用的不确定性，同时存在难以调和的矛盾关系。
在支撑体系方面，包括“零差率”带来的公立医院财政补贴预算、决算、审计、监督体系；不同特长医疗机构补贴差异化评价体系；过度医疗服务评价干预体系等。不是庞大的队伍难以有效落实，因此而增加的管理职能带来的复杂管理体系也需要庞大的资金费用支撑。其后续补贴资金对不同经济区域的可持续支付问题也难以乐观。
同时也存在着难以调和的矛盾，除了以上提到的矛盾现象，还包括如何向非公立医院和零售药房解释《反垄断法》中关于公平竞争的相关条款；如何向社会解释医院医务人员收入的合理性问题；如何向医药行业解释《价格法》中关于政府定价、政府指导价和市场调节价格的问题；“零差价”意味着强迫性低价格，一刀切的政策和国家鼓励医药行业自主创新和发展高科技也存在着不可调和的冲突。
要说药品批零价差率会对药品价格体系，或者对医院存在的相关问题产生根本性的变革推力，恐怕只会是南辕北辙。“零差率”可能最终将会因为矛盾的不断堆积，不得不选择新路。