当前，支付与结算已成为深化医保制度改革的瓶颈，完善系统性的医疗费用支付制度乃是当务之急。人社部在2011年5月就下发了《关于进一步推进医疗保险付费方式改革意见的通知》，继而，卫生部、民政部和财政部也下文推进新农合支付制度改革。其原因在于，传统的按项目付费使支付制度的约束力弱化，已成为医疗费用过度上涨的加速器，以更科学的付费制度替代按项目付费制度是大势所趋。
倒逼公立医院改革
现在，不少人以为采取了某一新的支付方式，就等于建立了合理的支付制度，这种认识其实很片面。支付方式和支付制度两者有着密切联系，但在内涵、外延上均有明显区别，不能混淆。
支付制度包含支付方式，支付方式是支付制度的核心。支付方式体现医保支付办法及所选择的计费基础，并以此作为标准，贯穿整个制度。支付制度既要对需方予以补偿，又要依照科学合理的计费基础与标准，对供方的耗费设置适当的时点和财务程序，实现医、患、保三方的货币资金往来与账目上的结算，以及多方的严格监管。所以，健全的支付制度包括科学的支付方式与计费标准、合理的财务流程安排等一系列的制度规定，以及健全的服务与价格谈判机制、监管机制、风险控制机制等。
作为医保体系的核心制度，支付制度意义重大。它既是医保体系运行中最重要、最复杂、最敏感的环节，也是医保职能最终得以实现的基本途径，还是深化医药卫生体制改革，解决供方费用补偿问题的着力点，它将倒逼并促进公立医院改革的深化。
公立医院是“三险一助”（城镇职工医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗、城乡医疗救助）制度实施的载体。其所提供的医疗服务占全国医院诊疗和住院人次的九成以上。其改革的深度与广度，直接关系到参保者的权益，关系到医保功能的实现和成效。
而一直以来，补偿机制都是公立医院未能解决的老大难问题。当前，以地方政府投入为主的财政政策能否真正落实尚不明朗；取消“以药补医”或提高过低的医疗技术收费价格，在短期内也有难度。因此，持续增加全民医保对需方的投入，健全支付制度以促使医疗服务量的增长，促进门诊和住院业务收入的增加，进而为公立医院创造间接补偿的滚滚财源，不失为一条完善补偿机制的现实路径。
因此，支付制度的健全不仅是保方控费的重要手段，也是公立医院补偿机制改革的有效举措。
多种方式取长补短
支付制度改革一刻也离不开医疗管理措施的跟进与配套。这是因为没有一种支付方式是十全十美的，都有其自身的局限性。
系统性支付制度要求对供方选用不同组合的混合支付方式，相互取长补短；还要针对不同支付方式的局限性与弊端，明确多种监管内容和办法。
如针对“按人头付费”弊端，重点防范对参保者病情的有意选择、减少服务内容、降低标准等；针对“按病种付费”弊端，重点防范诊断升级、分解住院等；针对“总额预付制”弊端，则重点防范贻误病情、服务提供不足、推诿重症患者等。总之，为规避和防范可能出现损害参保者权益的现象，保方不仅要精心设计多种付费机制，还要求供方实施并落实临床路径，规范诊疗行为。
控制与降低成本是公立医院改革面临的挑战之一，而应对和规避不同支付方式的缺陷，及时采取相应的医疗技术和管理等综合措施，控制不合理医疗费用，提升服务质量，也成为公立医院改革的重头戏。实施不同组合的混合(或复合)支付方式，既是医保运行机制完善的必由之路，也是公立医院改革的切入点。
在公立医院的改革中，健全与推进系统性支付制度，引导公立医院通过缩短平均住院日、减少重复检查、合理使用基本药物等途径节省费用，将提高医疗服务质量、降低成本、降低人均住院费用与药占比、提高技术性服务比等指标，作为综合目标考核的重点，与科室和个人绩效分配挂钩，引导公立医院将
成本控制在社会成本以下，并得到合理合法的适宜结余，将成为控制医疗成本，决定医改成败，缓解“看病贵”的关键。
医疗成本控制与医保费用控制的方向是一致的。支付制度完善的关键与核心，在于通过支付等经济手段，建立费用分担和风险控制机制，以降低医药费用，进而促使医疗质量与服务效率的提高。这一取向恰恰是撬动公立医院改革的支点。比如实施按服务单元(或按总额付费)与按病种付费等的综合运用，可从机制上规避自立项目扩大服务与增加频次等不良倾向，促使供方提高服务效率，加强经营管理；实行按人头付费，可促进财政资金投向需方，引导资金跟着人头走，使公平效率得以充分体现，更能评判和影响医疗资源配置。
全方位立体式监管
上升过快的医疗费用和“看病贵”这一现实，客观上一再表明，现阶段保方的支付手段尚不足以抵御供方的博弈能力。因此，为了配合实现以医保支付制度改革撬动公立医院改革这一现实路径，保持双方博弈能力的平衡，政府有关部门针对医院的不良经营行为，强化对公立医院的监督管制与费用控制，就显得尤为关键。
一要明确公立医院的经营目标。医院微观经营的目标不是单纯追求其发展的“锦上添花”，更不是脱离“三险一助”人群的需求，而是提供质优价廉的基本医疗服务，满足全民医保人群的医疗需求，保障人人公平地获得基本医疗服务，为患者“雪中送炭”，减少发病率，提升健康水平。
二要摒弃把医疗服务作为牟利手段的陋习，改变目前公立医院“创收归己、结余留用”的不合理财务制度。
三要盯紧并严格控制快速攀升的医疗费用。全民医保的实施，使城乡居民和医疗机构对药品、服务及各项检查等价格的敏感性降低，在信息不对称和监管体系不完善的情况下，更易刺激医疗费用快速攀升。公立医院改革若依然按部就班地迟迟不见“庐山真面目”，不仅参保者和用人单位对攀升的医疗费用无力承担，国家财政也将不堪重负。全民医保客观上要求切实缓解“看病难、看病贵”，而盯紧并有效控制快速上涨的医疗费用不仅是医保部门的职责，也迫切要求公立医院各项配套改革措施及时跟进和加快发展。
四要调整医疗资源配置结构。调整现行倒金字塔形的城乡不合理医疗资源配置；限制各级政府举办的国有公立大医院的存量资源，严格控制其规模、数量、设备购置及装修标准；严格控制城市大医院业务收入的增长比例、控制收支结余率；强化对特殊医疗服务的宏观调控，限制开展特需医疗的数量与资金运用，切实控制优质医疗资源的使用方向和比例。