长期以来，一些中小批发企业或药品经营居间人靠代理几个高价品种，依赖与医疗机构的关系，实行“高进、高出、高回扣”的方式经营，进行倒买倒卖税票和挂靠经营活动，严重破坏了流通秩序，助长了腐败和行业不正之风。药品进出口领域存在低价竞销、侵犯知识产权等现象，面临愈加严峻的国际监管环境和愈加严重的国际市场准入障碍。一些单体药店执业药师等专业人员缺乏，药品购销渠道混乱，药品质量安全难以保障。
《2010~2015年全国药品流通行业发展规划纲要》中指出，到2015年，我国药品流通秩序将明显规范，行业步入健康发展轨道。相关部门协作形成合力，对药品质量和经营行为监管的能力明显提高；行业组织自律机制得到充分发挥，诚信体系建设不断完善，扰乱药品流通秩序的各种违法违规现象得到明显遏制，从业人员队伍素质显著提高。
加强税票监管 建立退出机制
业内人士指出，占全国人口70%的农村，只拥有占全国总数不足30%的零售药店，一些边远地方的群众购药困难；农村游医药贩活动猖獗，销售假劣、过期药物现象突出。
为实现“十二五”的目标，商务部将会同多部门完善现有法制，确保企业规范经营，保障药品质量安全，完善药品流通各环节法律法规和标准体系，加大执法检查力度，建立违规惩戒和退出机制，规范市场秩序，保证用药安全。
商务部将通过适时推动修改《药品管理法》，进一步明确行业管理的内容和手段，强化执法监督，加大对违法违规行为的处罚力度，建立违规终身禁入制度；进一步提高药品批发零售企业和网上药店的准入门槛，修订GSP标准，按照国家药品流通行业发展规划和政策进行准入审批。
在“十二五”期间，商务部将联合相关部门加大执法检查力度，建立药品生产流通全过程的责任追究体系；重点抓好药品购销管理，完善索证索票制度，实现“货票同行”和“票据来源可追溯”，维护正常价格秩序；大力整治药品流通环节中“挂靠经营”、“代开发票”、“倒买倒卖税票”、经营假劣药品、商业贿赂等违法违规行为；加强对医药代理公司的管理和监督，规范“医药代表”和药品营销人员的业务行为；充分发挥12312商务行政执法投诉举报热线的作用，接受投诉举报，发动社会力量，加强行业监督；加大对企业的法制教育力度，引导企业提高社会责任意识，全面提升企业素质。
建立诚信体系 规范药代管理
在“十二五”期间，商务部将采取一系列措施提高全行业诚信意识，加强全行业诚信职业道德教育，广泛开展“诚信经营”示范创建活动，引导药品流通企业参与信用建设，不断提高信用意识和水平，自觉诚信守法经营。
针对诚信建设的开展，在征求意见的过程中，全行业都支持态度，协会意见，可以积极推进药品放心工程，开展药品规范经营“示范药店”、“诚信药店”活动。
此外，商务部还将加强药品流通从业人员职业行为规范建设，探索建立对职业经理人员、医药代表、执业药师、药店营销员、收银员等从业人员执业行为采集、记录、管理、共享等制度，建立从业人员信用档案。
近年来，医药代表这一伴随外资企业而来的新职业越来越成为社会的焦点，由此来带商业贿赂等问题对于流通行业的正常秩序带来不小的冲击。为了对于这一职业的从业者进行规范，商务部将与行业协会探索制定全面覆盖药品企业销售人员的《医药代表行为准则》，规范医药学术推广和药品营销行为，诚信服务、守法经营、以身作则、加强自律；创造条件争取早日将医药代表这一职业正式列入中华人民共和国职业分类大典。