针对部分参合农民反映定点医院药价偏高，按比例报销之后的价格和药店差不多，国家补贴的钱让医院赚去的问题，2009年山东省将加强对定点医疗机构尤其是乡村医疗卫生机构的监管，建立新农合定点医疗机构的准入和退出机制，不合格的新农合定点医院将被退出。
从17日在济南举行的山东省卫生工作会议上了解到，山东省今年将制订定点医疗机构考核评价标准并开展定期检查，促进定点医疗机构提高服务质量；健全医疗机构检查、治疗、用药规范及自律机制，继续推广单病种定额付费，完善医药费用信息定期公示制度，督促定点医疗机构加强费用控制。有条件的地方要逐步取消药品加成。
为了确保新农合基金安全，山东省将对新农合实施过程中易产生基金安全风险的环节进行重点检查，严厉打击套取、骗取新农合基金的不法行为。