除了像北京、上海这样的富裕城市外，对医药工业和商业企业而言，基本药物的采购和配送处于微利甚至亏损的状态。
目前，基本药物分为两类市场，一类是大城市的基本药物配送，由于地方政府投入大，基本药物覆盖到了大城市医院和社区，在这些城市里做基本药物配送，起码不会遭遇赔钱的窘境，可是这些市场已经被大商业所垄断。另一类市场就是中西部不发达的省市，这些地方政府投入少，低价药物更多，批次、金额、品规都少，配送企业面临比较大的压力。
以安徽省为例，安徽省基层医疗机构基本药物配送企业262家，从2010年9月20日到2011年4月1日止，每个企业平均的配送金额仅169万元，配送额100万元以下的达到170家，占总配送企业的64%，由于基层医疗机构用药批次多、批量小、附加值低、地域广、配送费率低，绝大多数配送企业对基本药物的配送基本上是亏损的。
虽然基药配送看起来不够给力，但它提供了各大商业龙头企业扩大版图和疯狂并购的政策基础，让企业看到了打破地方市场局限的机会。基本药物的配送并非只有基层医疗机构，城市社区和大医院也有基药业务，商业企业的根本目的在于获得优质大医院或县级医院以及城市社区的资源，以此抵消配送损失。
现实也是如此，能够在一地达到大量基本药物配送往往能给医保药物和标外药物配送加分，国药的“河南模式”就是通过基药统一配送，拿到郑州很多大医院的业务。上药之所以能与辉瑞、葛兰素等外企签订200多亿元的分销协议，正是因为其在上海以及“松江模式”占据很多外企看重的三甲医院和城市社区市场。
基本药物的标已经定了下来，与其不断“赔钱赚吆喝”，还不如利用基药配送获得的覆盖面和终端客户，在和医疗机构的谈判中，引入非基本药物销售和配送，这样就有了盈利的可能。