随着大陆与台湾“两岸经济合作架构协议（ECFA）”的签订，两岸贸易已步入“快行期”，虽然中药类商品尚未纳入合作架构协议，但中药材贸易一直是两岸贸易不可缺少的一环。特别是台湾地理位置特殊，中药材资源有限，造成台湾对大陆中药材需求日趋旺盛，依存度日益提高。
据报道，来自大陆的药材中有6.2%用于生产中药制剂，30%用于食品加工（香料、调味料和保健食品原料），33.8%用于中药房（中医师方剂、药膳食补方剂和民俗疗法原料），30%用于动物饲料添加剂、化妆品原料和环境卫生用品原料等方面。
进出口贸易稳中有增
台湾一直是我国大陆中药出口的主要地区之一，出口产品以中药材及饮片为主。2001～2010年，大陆对台中药材及饮片出口额占同期中药类产品出口总额的比重达63%～85%，且整体保持平稳增长态势。
据中国海关数据统计，2010年，中药材及饮片对台湾进出口总额达6403万美元，同比增长58.3%；其中，出口额为6095万美元，同比增长60.7%。从单品种来看，台湾目前用量最大的药材有人参、当归、枸杞和黄芪。2010年，枸杞对台出口量同比增长26.8%，出口额同比增长116.3%。进入2011年第一季度，药材价格依然延续去年大幅上涨的趋势，导致上述几种药材对台出口数量出现不同程度的下降，但具体发展态势仍有待观察。
源头检测不遗余力
药材原料的质量直接关系到成品的优劣，因此，近年来台湾地区卫生主管部门加强了对进口中药材的管理，如中医药委员会下设中药组负责中药材品质管制和安全管制，药物食品检验局设立中药生药学组，进行生药药材的鉴定、检验和品质调查等。
限制包装标示。大多市售中药材为散装，易滋生霉菌影响中药材品质，因此，卫生主管部门决定对常用中药材限制包装标示。截至2008年，要求包括甘草、川芎、肉桂、杜仲、党参、黄芪、天麻、续断等324项进口及市售的中药材及饮片，其包装或标签应标示品名、重量、制造日期、有效期、厂商名称及地址，以有效管理源头，提高中药材质量。
编辑《中华中药典》。针对中药材受污染及有害物质残留的现状，自2002年起，台湾卫生主管部门责成药物食品检验局负责监视并检测中药材污染情况，2004年责成中医药委员会收集各国中药品质标准。随后将203种中药材农药残留量、重金属和微生物限量、黄曲霉素含量、二氧化硫残留、马兜铃酸含量及检测等数值的调查研究结果汇编成《中华中药典》，于2004年5月1日起实施。该药典为台湾中药厂商提供了依据，凡进口、生产的中药品质与规格须符合其规定。
重金属限量方面，2004年台湾卫生主管部门公告杜仲、枇杷叶、肉桂、桂枝、白及、白加皮等7种中药材必须加做重金属检测，并对其限量标准作了规定：镉<2ppm（1ppm相当于1ug/g）、铅<30ppm、汞<2ppm。此外，台湾是最早对大量中药材建立黄曲霉素限量标准的地区，2005年公告黄芪、莲子、薏苡仁、延胡索、八角茴香、红枣、大腹皮、女贞子、小茴香、山楂、山茱萸、枸杞、胡椒、橘皮等14种中药材，其黄曲霉素限量标准皆为15ppb（1ppb相当于1ppm的千分之一）。
中药材成分标准化管理。为了保障进口中药材的质量和安全，台湾卫生主管部门计划建立中药材管理机制，如建立“中药境外认证暨境内品质管制中心”，对中药材进行源头管理。同时，应用中药材标准检验技术为中药材的生产、采购品质把关。目前，台湾地区已有74种常用中药材经萃取、浓缩提取有效成分标准品，作为药材检测标准。未来中医药委员会计划将台湾地区市面上常用的297种中药材全部进行成分标定，以实现中药标准化管理，并建立亚太中药标准品供应机制。
终端管理严格把关
台湾对中药新药研发要求以CMC管制，CMC是指对于中药材复方产品的化学、管制、制造要达成安全性、均一性和再现性的要求。CMC的checkinglist（检查列表）主要包括基原确认、型态描述、干燥减重、水抽提物、稀醇抽提物、精油、灰分、酸不溶灰分、原子吸收光谱仪、微生物检测、防腐剂检测、化学指纹图谱等。
保健食品方面，产品在上市销售前，须向卫生署申请查验与登记，提交包含产品原料成分规格含量表、产品安全性评估报告在内的14项材料，若有科学研究质疑某种经核准的健康食品的原料成分、功效等，卫生署会重新评估该食品。产品安全性评估对原料的要求是：若健康食品的原料属于卫生署核准并公告，如直接供人食用，可免做毒理实验；如将原料进行加工，则必须进行LD50（有毒药材半数致死剂量）和三项致突变及30天喂养测试。若原料非卫生署核准，如原料缺乏足够安全性资料或无人类使用历史记录，则增加90天喂养、过敏反应和致畸试验；如原料中成分有致癌危险因子，应增加慢性毒性试验、致癌和繁殖试验。
海峡两岸合作空间广阔
2008年两岸“大三通”的到来，为两岸关系的密切掀开了新的一页，由此也给中医药交流带来了新的机遇和挑战。2010年12月21日，两岸领导人共同签订了《海峡两岸医药卫生合作协议》，双方同意就中药材品质安全标准及检验方法进行交流合作，并相互协助查核及确认中药材检验证明文件，未来大陆出口台湾的中药材须经过源头管理、边境抽验和市场抽验三道程序，以保障药材质量的安全。2011年，两岸中药协会签订了《海峡两岸中药材战略合作框架协议》，通过建立无公害药材种植示范基地以提升中药材质量。双方应抓住机遇，相互合作，合理利用资源，保障原料药材的安全性，从而促进两岸进出口贸易，互惠互利，实现双赢。