药品集中招标采购自1999年试点以来，已经“过渡”了5年。在试点经验并未总结的条件下，药品集中招标采购已全面铺开。好多地方药品招标采购的目的并没有达到，反而出现了诸多问题。
药品集中招标采购主要表现为八大问题是：第一、政企不分，主体错位。目前招标机构多是卫生行政部门亲自出面组织，还有的卫生行政部门与招标代理机构联合组织招标，严重背离了国务院的指导原则。剥夺了医疗机构的自主权。
第二、巧立名目，乱收费用。医药工商企业参加投标，必须承担标书工本费，投标品种保证金，中介机构服务费等多项不合理费用，增加了大量非经营成本。
第三、手续繁琐，劳民伤财。企业参加投标，被要求提供的各类文件、材料繁多，好多企业在一年的时间里用坏了两台复印机。企业被要求提供的药品样品，更是价值巨大。这些样品一旦开封就不能销售，且中介机构也不退样品，造成了社会财富的极大的浪费。
第四、招标行为，缺乏公正。被称为“阳光下的交易”的药品集中招标，其真实情况是：不公平的标书条款；不公正的交易行为；不公开的评标过程。导致“阳光工程”的暗箱操作。
第五、医院药价，很少降低。通过药品招标，医药工商企业的毛利率大幅下降。但药品降价后的好处多数没有让利于病患者。有的医疗单位仍按原定价格再加15％的进销差率卖给患者。有的医院只对个别品种的价格象征性的下调几个百分点。招标后所得的药品差价收益多数留给了医院。
第六、利润转移，税收流失。医药工商企业是国家的纳税人，由于招标和降价，企业应得的利润以各种费用的形式转移到招标中介机构和医院，造成药品差价收益的不合理分配，形成新的利益主体和利益分配格局，使国家税收大量流失。
第七、竞相压价，后果严重。有些企业为了抢占市场，以低于成本的价格参与竞争。不仅扰乱了市场，更引发国家计委对多数药品大幅降价。致使医药生产企业无力组织生产，一些百姓常用药断档脱销。
第八、中标品种，一中就死。有的药品中标后，医院表面上购进药品。但由于缺少“动力”，医生却不开处方，搁置一段时间再向厂方退货。
由此可见，药品集中招标采购作为“一项过渡性措施”并没有真正减轻病患者的负担，也不是解决医药购销活动不正之风的主要手段。