自基药零差率政策出台后，争议一直没停止过。以56号文为主导的基药招标模式经过市场两年的洗礼，笔者发现，“双信封招标、量价挂钩、单一货源承诺、一品三剂型两规格、统一配送、生产企业投标”等特点都在调整和改变，唯一坚持不变的就是零差率。零差率连同“安徽模式招标、基层全部配备使用、报销比例高于其他产品、统一配送、高端医疗机构规定使用比例”等，已成为现阶段我国基本药物制度的鲜明特色。
反常现象不可忽视
基本药物制度包括药物的遴选、目录的制定、生产供应、流通配送、招标采购、使用、价格制定、医保支付报销、质量监控等多个环节，经过3年实践，各省进行了有益的探索和实践，规范了方式、流程和规则。笔者认为，现阶段基本药物制度最核心的环节就是零差率。
在基本药物制度的设计上实行零差率销售，旨在增加医保费用的保障能力，缓解老百姓的用药经济负担，解决“看病贵、看病难”。可以肯定的是，政策出发点是好的，可实施中却出现了零差率销售价格不降反升、零差率药品价格越高销量越大、补贴不到位基层医疗机构难以为继的反常现象，零差率并没有解决临床用药导向的问题。由此可见，此一政策还远远没有达到政策设计的目标。
明加成不是药价高的根源
未实施零差率之前，医疗机构采用顺加作价的方式，在中标价的基础上加价15%进行销售，如果看病贵仅仅是因为药品加价了15%，完全可以通过提高15%的报销比例来解决，但事实并非如此。
医疗机构的15%只是药品价格形成链条中一个明的环节，它只是冰山露出水面的部分，真正驱动药价贵的因素却在水面之下。采用了取消15%加价，用政府补贴的方式给医疗机构因此而损失的合理利润，这样表面上看似切断了医药购销中的链条，解决了药品涨价的动力，但实际上在药价问题上是无功而返的，还成为了部分基本药物价格反升的动力。
公益性不能靠零差率体现
近来，诸多地方将零差率政策引入高端医疗机构的改革试点，突出的一个目标就是要体现非营利医疗机构的公益属性。笔者认为，这是一种认识上的误区。医疗机构要坚持公益性，这是新医改的方向，坚决不能动摇，但不做机制的调整，只是实施零差率，让医疗机构不在药品上挣钱，切断医疗机构与药品购销的关系，实现所谓的“医药分开”，既不符合实际，也不符合逻辑。
非营利性医疗机构是盈利的，这是一个不争的事实。如果从药品上盈利是非公益性，那么，从器械、试剂、耗材、医疗服务上盈利的性质又如何界定？除非不允许医疗机构盈利，完全采用国家补贴，但这完全是不现实的。
加成改变不是机制的转变
2006年实施顺价加价15%的加成政策，目前县及县以上的公立医院仍在采用；2009年在政府办基层医疗机构和试点的医疗机构采用零差率，期间，一些地区深刻认识到顺价加价的弊端，实施差别加价。近来热议的《药品流通环节价格管理暂行办法（征询意见稿）》，也是按照差别加价的思路制定的。
业界一直有一种观点，认为顺价加价自2006年执行以来成为药价虚高的推手。事实证明，即使实施零差率，医疗机构依然是价格越高销量越大，如何获取高价中标，成为基药投标企业孜孜以求的目标。如同顺价加价一样，引导生产经营企业不得不开展“高定价、大回扣”的畸形竞争。另外，零差率削减了医疗机构对价格高的药品的敏感度，导致医疗机构对普遍存在的回扣现象视而不见。
笔者一直在思考，“药价管制是否非要管制药品加成”？从本质上看，上述3种价格管制政策都只是对加成率的调整，并没有实质性区别。毋庸置疑，药价一定要通过政府管理，但只是在药品加成上做文章，恐难以达到控制药价的目标，如今已经到了调整机制的时候了。今年已启动在基层的取消以药养医试点，希望能真正有成效地推进。