很长时间以来，几乎没有人会相信医药会分开，或者可能会分开，不可否认，行政强推“医药分开”会造成很多的问题，如医护人员待遇下降，医院经营面临新挑战等等。
不过，在这样的改革措施下，对于突然面对较大经营压力的医院来说，对自身供应链进行调整已经成为必要的选择。
作为旧机制下的医院，药房一直是医院重要的利润中心。在医药强制分开之后，以前重要的利润中心就变成了主要的成本中心， 显然，喊了很多年的“药房剥离”终于了有了真正实现的基础。
在医药分开之前，对于很多医药商业企业而言，药房托管并不一定是一个十分赚钱的生意，虽然药房托管后，医院药房的所有权和经营权分离，所有权仍属医院，经营权和管理权交给医药经营企业托管，医药经营企业定期将药房利润或者销售收入的一部分返还给医院，这样就能够保证医院的收益不受影响。
虽然医药分开能够暂时使医院对药费的依赖程度有所下降，但在政府补偿机制不到位的前提下，药费仍是医院收入的主要组成部分，药房托管只是在形式上使医院脱掉了“以药补医”的外衣。
在这样的背景下，药房托管只是“医药分开”的过渡模式，既可以巧妙地避开产权问题，在一定程度上实现了医药分开；同时又可以解决医院补偿不足的问题，医院药房托管将打破医药分开进展不顺的僵局，使医药分开的改革实现“软着陆”。
但是，那种绕开“医药分开”的改革方式并不能解决问题，医院依然把药房当作利润中心，企业为了获得药房的托管权，常常还要把10%以上的返利回馈医院。
当北京、深圳采取风暴式以反腐、打击商业贿赂为开端的方式取消“以药补医”之后，不少医院甚至希望能有企业来托管自己的医院药房。在“以药补医”被取消之后，对于很多医药商业企业来说，获得医院药房的托管权正是新的机会。对于一些缺乏足够政策的民营医药商业来说，这也是不错的机遇。
不过，想要进军药房托管领域的企业必须要做好准备，如何使用现代物流技术解决当前医院药房效率偏低的问题，药房托管不能等于只加一个仓库，否则药房不但不能成为企业的利润源，还会拖累本来就不宽裕的现金流。
随着取消“以药补医”机制的行动迅速在全国实行，中国医药商业企业跑马圈地的风潮或有望再次兴起。2009年，围绕着基本药物和医保药物的配送权之争，已经为中国医药商业行业诞生了一家千亿企业，这一次围绕药房托管权的竞争必然进一步提升行业的集中度。
不过，在多数企业现金流都处于短缺状态的情况下，药房托管并不是所有企业都可以试水的机遇，相比配送权带来的效益，医院药房的管理更加考验企业自身的实力。